| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,793,653 | G→T | 5.3% | R225S (CGT→AGT) | waaY ← | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,793,653 | 0 | G | T | 5.3% | 1033.4 / 21.5 | 269 | R225S (CGT→AGT) | waaY | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (124/130); new base T (4/11); total (128/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
TTTTCAATCAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAA > CP009273/3793504‑3793802 | cAATCAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgccgc > 1:2948200/1‑150 (MQ=255) cAATCAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgccgc > 1:629711/1‑150 (MQ=255) cAATCAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCa > 2:3690854/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |