| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,797,907 | G→T | 35.8% | V190V (GTC→GTA) | waaS ← | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,797,907 | 0 | G | T | 35.8% | 344.5 / 214.6 | 218 | V190V (GTC→GTA) | waaS | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/63); new base T (37/41); total (114/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
CCTCAAGTATACGAAGAGTCCAGCCAGATTGGTTTTCTTTGGTTATATCAACAATTATATTAGCATTTAATGTTCTTCTAATATTCTCTTCATAAGATATTTGTTTTTCAATCAAATACTTTGAAGTCGTAGATGATGTCTTATCTTTGACAACATTAAAATCTAGCTTACATCCTAGTGTTGTTAATCTCTCGGCTAACTCATTAATTATTTGAAGACGCCCTTTATCACGACCAAGGAAAAAACATATTGGCTGGCTGTTATTTTTGTCAGATAAACTATAATTTCTAATTTCAT > CP009273/3797759‑3798055 | ccTCAAGTATACGAAGAGTCCAGCCAGATTGGTTTTCTTTGGTTATATCAACAATTATATTAGCATTTAATGTTCTTCTAATATTCTCTTCATAAGATATTTGTTTTTCAATCAAATACTTTGAAGTCGTAGATGATGTCTTATCTTTGa < 1:3403183/150‑1 (MQ=255) aaGTATACGAAGAGTCCAGCCAGATTGGTTTTCTTTGGTTATATCAACAATTATATTAGCATTTAATGTTCTTCTAATATTCTCTTCATAAGATATTTGTTTTTCAATCAAATACTTTGAAGTCGTAGATGATGTCTTATCTTTGacaac > 2:3229314/1‑150 (MQ=255) aGTATACGAAGAGTCCAGCCAGATTGGTTTTCTTTGGTTATATCAACAATTATATTAGCATTTAATGTTCTTCTAATATTCTCTTCATAAGATATTTGTTTTTCAATCAAATACTTTGAAGTCGTAGATGATGTCTTATCTTTTacaaca > 1:3395037/1‑150 (MQ=255) 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aTCTTTGACAACATTAAAATCTAGCTTACATCCTAGTGTTGTTAATCTCTCGGCTAACTCATTAATTATTTGAAGACGCCCTTTATCACGACCAAGGAAAAAACATATTGGCTGGCTGTTATTTTTGTCAGATAAACTAtaatttctaat > 2:77590/1‑150 (MQ=255) tCTTTTACAACATTAAAATCTAGCTTACATCCTAGTGTTGTTAATCTCTCGGCTAACTCATTAATTATTTGAAGACGCCCTTTATCACGACCAAGGAAAAAACATATTGGCTGGCTGTTATTTTTGTCAGATAAACTAtaatttctaatt < 2:4017876/150‑1 (MQ=255) | CCTCAAGTATACGAAGAGTCCAGCCAGATTGGTTTTCTTTGGTTATATCAACAATTATATTAGCATTTAATGTTCTTCTAATATTCTCTTCATAAGATATTTGTTTTTCAATCAAATACTTTGAAGTCGTAGATGATGTCTTATCTTTGACAACATTAAAATCTAGCTTACATCCTAGTGTTGTTAATCTCTCGGCTAACTCATTAATTATTTGAAGACGCCCTTTATCACGACCAAGGAAAAAACATATTGGCTGGCTGTTATTTTTGTCAGATAAACTATAATTTCTAATTTCAT > CP009273/3797759‑3798055 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |