| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,798,296 | G→A | 13.7% | L61F (CTC→TTC) | waaS ← | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,798,296 | 0 | G | A | 13.7% | 692.7 / 77.2 | 233 | L61F (CTC→TTC) | waaS | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (97/104); new base A (20/12); total (117/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
GCGTTATCAAGAATAAAATCTTCGCCAACAGTATTTCTTAGAAGCAAAACTTTATGACAGTTAATATTTTTTAATATTTGTTTATTGATACCTTTATTAACAACACTGTCATTAATGATAATTATGTCATCTTTTTTAATATCATTGAGGTAATGCTTGATGAATAATCGCCCCAGCCATGCATTATCCATCCCTATTTTTGATATTTTTTTATTAATCCAGTTATATTTTTTTGGTGTTGTTATATTTTTTATCTTGTACTTTTTTTTCAGGTACTGAATCATTTTTAATTCATAAT > CP009273/3798148‑3798445 | cgTTATCAAGAATAAAATCTTCGCCAACAGTATTTCTTAGAAGCAAAACTTTATGACAGTTAATATTTTTTAATATTTGTTTATTGATACCTTTATTAACAACACTGTCATTAATGATAATTATGTCATCTTTTTTAATATCATTGAGGt < 2:3801787/150‑1 (MQ=255) cgTTATCAAGAATAAAATCTTCGCCAACAGTATTTCTTAGAAGCAAAACTTTATGACAGTTAATATTTTTTAATATTTGTTTATTGATACCTTTATTAACAACACTGTCATTAATGATAATTATGTCATCTTTTTTAATATCATTGAAGt > 2:287405/1‑150 (MQ=255) gTTATCAAGAATAAAATCTTCGCCAACAGTATTTCTTAGAAGCAAAACTTTATGACAGTTAATATTTTTTAATATTTGTTTATTGATACCTTTATTAACAACACTGTCATTAATGATAATTATGTCATCTTTTTTAATATCATTGAGGTa > 2:2975919/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |