| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,809,236 | G→T | 43.3% | pseudogene (6/48 nt) | rph ← | ribonuclease PH (defective);enzyme; Degradation of RNA; RNase PH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,809,236 | 0 | G | T | 43.3% | 255.4 / 314.1 | 254 | pseudogene (6/48 nt) | rph | ribonuclease PH (defective);enzyme; Degradation of RNA; RNase PH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (85/59); new base T (60/50); total (145/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
GCTAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATT > CP009273/3809087‑3809383 | ctAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCGACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGgattcga > 2:2431062/1‑150 (MQ=255) tAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGgattcgat > 2:3027652/1‑150 (MQ=255) aaGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGgattctatt > 1:1080925/1‑150 (MQ=255) 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atatGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCTATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGa < 1:3216229/150‑1 (MQ=255) atGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGt > 2:3875654/1‑150 (MQ=255) tGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCTATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTa > 1:3860933/1‑150 (MQ=255) tttCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGct < 1:4084915/150‑1 (MQ=255) ttCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCTATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGctc < 2:3587173/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |