Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,819,936 | C→A | 13.1% | T456K (ACG→AAG) | recG → | ATP‑dependent DNA helicase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,819,936 | 0 | C | A | 13.1% | 1111.6 / 89.9 | 319 | T456K (ACG→AAG) | recG | ATP‑dependent DNA helicase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (160/117); new base A (14/28); total (174/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
GCGTCTGGCATTGTGGGAGAAAGGCCAGCAGCAGGGCTTCCATCCGCATCAGTTGATCATGACCGCCACGCCGATCCCCCGCACGCTGGCAATGACTGCGTATGCCGATCTCGATACCTCGGTGATAGATGAGCTGCCGCCAGGCCGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAGCGCAGGCGGCGGAA > CP009273/3819787‑3820084 | gCGTCTGGCATTGTGGGAGAAAGGCCAGCAGCAGGGCTTCCATCCGCATCAGTTGATCATGACCGCCACGCCGATCCCCCGCACGCTGGCAATGACTGCGTATGCCGATCTCGATACCTCGGTGATAGATGAGCTGCCGCCAGGCCGCAc < 1:1042512/150‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCATTGTGGGAGAAAGGCCAGCAGCAGGGCTTCCATCCGCATCAGTTGATCATGACCGCCACGCCGATCCCCCGCACGCTGGCAATGACTGCGTATGCCGATCTCGATACCTCGGTGATAGATGAGCTGCCGCCAGGCCGCAc < 1:1786426/150‑1 (MQ=255) cGTCTGGCATTGTGGGAGAAAGGCCAGCAGCAGGGCTTCCATCCGCATCAGTTGATCATGACCGCCACGCCGATCCCCCGCACGCTGGCAATGACTGCGTATGCCGATCTCGATACCTCGGTGATAGATGAGCTGCCGCCAGGCCGCACg > 2:1331810/1‑150 (MQ=255) 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aTGAGCTGCCGCCAGGCCGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGc < 2:3806754/150‑1 (MQ=255) aTGAGCTGCCGCCAGGCCGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGGTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGc > 1:1747062/1‑150 (MQ=255) gAGCTGCCGCCAGGCCGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTg < 1:1464593/150‑1 (MQ=255) aGCTGCCGCCAGGCCGCAAGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTgg < 1:2573216/150‑1 (MQ=255) gccgccAGGCCGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAgc > 1:379304/1‑150 (MQ=255) ccgccAGGCCGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGTAATTGCTGGAAgcg < 2:4071573/150‑1 (MQ=255) gccAGGCCGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAGCGCa > 2:310948/1‑150 (MQ=255) gccAGGCCGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAGCGCa > 1:3868114/1‑150 (MQ=255) cAGGCCGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAGCGCAgg < 1:862883/150‑1 (MQ=255) cAGGCCGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAGCGCAgg > 2:771448/1‑150 (MQ=255) ggCCGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAGCGCAggcg < 2:3937097/150‑1 (MQ=255) aCGCCAGTGACTACGGTCGCTATTACTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCAGCATAACTGTAGGTCGTCAGGCCTACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAGCGCAGGCGGCGGaa > 1:1194180/1‑150 (MQ=255) | GCGTCTGGCATTGTGGGAGAAAGGCCAGCAGCAGGGCTTCCATCCGCATCAGTTGATCATGACCGCCACGCCGATCCCCCGCACGCTGGCAATGACTGCGTATGCCGATCTCGATACCTCGGTGATAGATGAGCTGCCGCCAGGCCGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAGCGCAGGCGGCGGAA > CP009273/3819787‑3820084 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |