Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,830,197 | C→A | 100% | intergenic (+281/‑116) | yicT → / → setC | pseudogene/putative arabinose efflux transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,830,197 | 0 | C | A | 96.4% | 847.4 / 19.7 | 264 | intergenic (+281/‑116) | yicT/setC | pseudogene/putative arabinose efflux transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/5); new base A (124/130); total (129/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
ATTTGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAA > CP009273/3830050‑3830343 | aTTTGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTgagc > 1:2787202/1‑150 (MQ=255) tttGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCt < 2:1687185/150‑1 (MQ=255) cATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCAtt < 1:3235365/150‑1 (MQ=255) 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cTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTAc > 2:1400962/1‑150 (MQ=255) ggCCCTATAATATTTAGCTAGCATTGCTTTCTGTTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATTTTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCa < 2:1939503/150‑1 (MQ=255) cccTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAACGCAAAAAACGGCTACCACt < 1:2077524/150‑1 (MQ=255) cTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTcc > 2:2451618/1‑150 (MQ=255) cTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTcc < 2:2392985/150‑1 (MQ=255) 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atTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCaaaa > 1:981062/1‑150 (MQ=255) atTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCaaaa > 1:536036/1‑150 (MQ=255) | ATTTGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAA > CP009273/3830050‑3830343 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |