| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,838,587 | T→A | 12.9% | S422T (TCC→ACC) | ade → | cryptic adenine deaminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,838,587 | 0 | T | A | 12.9% | 942.7 / 109.6 | 310 | S422T (TCC→ACC) | ade | cryptic adenine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (112/158); new base A (15/25); total (127/183) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
AAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGCGTCTACAGCGAAAATGGTTTTGATCGCGATGATGTGAGCTTTATTGCCGTACTTGAGCGTTACGGGCAACGGCTGGCTCCGGCTTGTGGTTTGCTTGGCGGCTTTGGACTGAATGAAGGTGCGCTGGCTGCGACG > CP009273/3838438‑3838733 | aaGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGcact > 2:547664/1‑150 (MQ=255) agagTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGcactc > 2:139270/1‑150 (MQ=255) gagTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGcactcc < 1:1200952/150‑1 (MQ=255) gagaCTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAg < 2:4247241/150‑1 (MQ=255) gagaCTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAg < 2:3274916/150‑1 (MQ=255) gagaCTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAg < 2:3126283/150‑1 (MQ=255) gagaCTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAg > 2:2572102/1‑150 (MQ=255) gagaCTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAg > 1:2074605/1‑150 (MQ=255) agaCTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGc < 2:1179955/150‑1 (MQ=255) agaCTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGc < 1:4238369/150‑1 (MQ=255) gaCTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGCg > 2:236001/1‑150 (MQ=255) aCTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGCGt < 2:1957963/150‑1 (MQ=255) tGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGCGTCt > 2:4596103/1‑150 (MQ=255) ggCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGCGTCTa > 2:907219/1‑150 (MQ=255) ggCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGCGTCTa < 1:3899809/150‑1 (MQ=255) gCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGCGTCTAc < 2:3769093/150‑1 (MQ=255) cacaATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGCGTCTACa < 2:248322/150‑1 (MQ=255) aaTCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAAGTGATTACGCACTCCCACTCCAGCGTCTACAGCg > 1:2542332/1‑150 (MQ=255) 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ccgcCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGCGTCTACAGCGAAAATGGt < 2:2577677/150‑1 (MQ=255) cgcCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGCGTCTACAGCGAAAATGGtt > 2:1765426/1‑150 (MQ=255) cgcCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGCGTCTACAGCGAAAATGGtt > 2:2210405/1‑150 (MQ=255) ccATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGCGTCTACAGCGAAAATGGtttt < 1:907926/150‑1 (MQ=255) cATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTTTCCGCCAGCGACTTTGCCCTGCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGCGTCTACAGCGAAAATGGTTTTg < 2:744962/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |