| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,879,461 | A→T | 31.9% | K342N (AAA→AAT) | yidC → | membrane protein insertase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,879,461 | 0 | A | T | 31.9% | 421.3 / 307.1 | 295 | K342N (AAA→AAT) | yidC | membrane protein insertase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (89/112); new base T (34/60); total (123/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.06e-01 | |||||||||||
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
GTACTGGTTCAGCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGATTCAGGC > CP009273/3879312‑3879610 | gTACTGGTTCAGCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCaaa > 1:1495655/1‑150 (MQ=255) aCTGGTTCAGCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAAct < 2:2496246/150‑1 (MQ=255) tGGTACAGCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCAACCTGTGGGTAGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCAGACCGTAGAAAACCGAAGGTTGTGGATCATATCTCAGCCGATGTTAAAActgc > 1:1458981/1‑150 (MQ=255) ggTTCAGCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAATctgct > 1:4610437/1‑150 (MQ=255) gTTCAGCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAATATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAActgctg < 1:2899873/150‑1 (MQ=255) gTTCAGCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAATctgctg < 2:3391223/150‑1 (MQ=255) tCAGCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGaa < 1:746165/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAATCTGCTGaaa > 2:1402131/1‑150 (MQ=255) gCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATg < 1:2675413/150‑1 (MQ=255) ccTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAATCTGCTGAAATgg < 2:3202922/150‑1 (MQ=255) ggTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTTGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATc > 2:4115803/1‑150 (MQ=255) ggTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATc < 2:4487274/150‑1 (MQ=255) ggTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATc < 1:3438971/150‑1 (MQ=255) cAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCAt > 1:189462/1‑150 (MQ=255) aGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATa < 2:2141747/150‑1 (MQ=255) aGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATa < 2:2288080/150‑1 (MQ=255) gACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAg < 1:484899/150‑1 (MQ=255) cTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAATCTGCTGAAATGGATCCAGAGCt < 2:4132338/150‑1 (MQ=255) cgATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAATCTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTgg < 2:3285474/150‑1 (MQ=255) aTGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGt < 2:3475637/150‑1 (MQ=255) aTGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGt < 1:2312834/150‑1 (MQ=255) gAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTaa > 1:3898574/1‑150 (MQ=255) gAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTaa < 1:545642/150‑1 (MQ=255) aaCAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAAc > 2:1285105/1‑150 (MQ=255) aGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAATCTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTgg < 1:4159676/150‑1 (MQ=255) aGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTgg < 1:1723209/150‑1 (MQ=255) cACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTgggg > 2:313152/1‑150 (MQ=255) cACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTgggg < 1:1411172/150‑1 (MQ=255) ccTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAATCTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCtt < 2:793035/150‑1 (MQ=255) cTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTtc < 2:2714596/150‑1 (MQ=255) gtgGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTtctc < 2:26352/150‑1 (MQ=255) gtgGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTtctc > 1:1680024/1‑150 (MQ=255) tgGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGTTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTTTTCAATCTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTcc < 1:2540596/150‑1 (MQ=255) 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aGCCGCTGTTCAATCTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGc < 2:4314365/150‑1 (MQ=255) ccGCTGTTCAATCTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCg < 2:4551649/150‑1 (MQ=255) cGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGa > 1:2741919/1‑150 (MQ=255) gCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGaa > 1:1825307/1‑150 (MQ=255) cTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAg > 1:1757702/1‑150 (MQ=255) cTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAg > 1:4214186/1‑150 (MQ=255) gTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGAt < 1:2355534/150‑1 (MQ=255) tCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGATTc > 1:1629564/1‑150 (MQ=255) tCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCATCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGATTc < 2:1420886/150‑1 (MQ=255) cAATCTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGATTCa < 2:2787186/150‑1 (MQ=255) cAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGATTCa > 2:759678/1‑150 (MQ=255) aaaCTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCATCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACACGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGATTCAg > 2:721069/1‑150 (MQ=255) | GTACTGGTTCAGCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGATTCAGGC > CP009273/3879312‑3879610 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |