Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,926,831 | G→T | 94.6% | D41Y (GAT→TAT) | rbsD → | putative cytoplasmic sugar‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,926,831 | 0 | G | T | 94.6% | 934.7 / 41.9 | 299 | D41Y (GAT→TAT) | rbsD | putative cytoplasmic sugar‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/8); new base T (144/139); total (152/147) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 |
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
CGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCGATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGCTCACTCACCTTGAG > CP009273/3926684‑3926977 | cGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTat > 2:1700893/1‑150 (MQ=255) gAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCtata > 1:1639244/1‑150 (MQ=255) gAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCtata > 1:2727981/1‑150 (MQ=255) 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aTCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGCTCACTCACCTTGag < 2:2860067/150‑1 (MQ=255) aTCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGCTCACTCACCTTGag > 1:1027796/1‑150 (MQ=255) | CGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCGATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGCTCACTCACCTTGAG > CP009273/3926684‑3926977 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |