Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,999,692 | G→T | 12.1% | D157Y (GAT→TAT) | recQ → | ATP‑dependent DNA helicase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,999,692 | 0 | G | T | 12.1% | 1033.0 / 70.6 | 289 | D157Y (GAT→TAT) | recQ | ATP‑dependent DNA helicase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (135/119); new base T (16/19); total (151/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
TGATGACAGGCTGCCGCACCGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGTTCCCGACGCTGCCGTTTATGGCGCTGACCGCCACAGCCGACGACACCACGCGCCAGGATATCGTGCGCCTGCTGGGGCTGAACGATCCGCTGATTCAAATCAGC > CP009273/3999543‑3999841 | cAGGCTGCCGCACCGGGCAAATTTGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTcc > 2:864923/1‑150 (MQ=255) cAGGCTGCCGCACCGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTcc < 2:3559237/150‑1 (MQ=255) ggCTGCCGCACCGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGc > 2:157498/1‑150 (MQ=255) cTGCCGCACCGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGccc > 1:4069159/1‑150 (MQ=255) tGCCGCACCGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCg > 2:1004880/1‑150 (MQ=255) tGCCGCACCGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCg > 2:1731205/1‑150 (MQ=255) gCCGCACCGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCgg > 1:2043721/1‑150 (MQ=255) ccGCACCGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGa > 2:3534427/1‑150 (MQ=255) 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cAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCcgcg < 1:681882/150‑1 (MQ=255) aaTTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCt < 1:597587/150‑1 (MQ=255) aaTTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCt > 1:4376133/1‑150 (MQ=255) aTTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACTATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTc < 1:2924719/150‑1 (MQ=255) aTTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTc > 1:1168619/1‑150 (MQ=255) 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cTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTg > 2:1785360/1‑150 (MQ=255) tttATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTgc < 2:3866608/150‑1 (MQ=255) tatCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACTATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCa < 2:4532318/150‑1 (MQ=255) ccccGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGt > 1:3623696/1‑150 (MQ=255) cccGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGtt > 1:248967/1‑150 (MQ=255) 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ctcCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGTTCCCGACGCTGCCGTTTATGGCGCTGACCGCCACAGCCGACGACACCACGCGCCAGGATATCGTGCGCCTGCTGGGGCTGAACGATcc < 1:2024332/150‑1 (MQ=255) tcCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGTTCCCGACGCTGCCGTTTATGGCGCTGACCGCCACAGCCGACGACACCACGCGCCAGGATATCGTGCGCCTGCTGGGGCTGAACGATCCg > 1:4458761/1‑150 (MQ=255) cccAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGTTCCCGACGCTGCCGTTTATGGCGCTGACCGCCACAGCCGACGACACCACGCGCCAGGATATCGTGCGCCTGCTGGGGCTGAACGATCCGc < 1:1711436/150‑1 (MQ=255) cccAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGTTCCCGACGCTGCCGTTTATGGCGCTGACCGCCACAGCCGACGACACCACGCGCCAGGATATCGTGCGCCTGCTGGGGCTGAACGATCCGc < 1:4041072/150‑1 (MQ=255) cAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGTTCCCGACGCTGCCGTTTATGGCGCTGACCGCCACAGCCGACGACACCACGCGCCAGGATATCGTGCGCCTGCTGGGGCTGAACGATCCGCTg > 2:3841624/1‑150 (MQ=255) 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aTGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGTTCCCGACGCTGCCGTTTATGGCGCTGACCGCCACAGCCGACGACACCACGCGCCAGGATATCGTGCGCCTGCTGGGGCTGAACGATCCGCTGAt < 2:723344/150‑1 (MQ=255) cACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGTTCCCGACGCTGCCGTTTATGGCGCTGACCGCCACAGCCGACGACACCACGCGCCAGGATATCGTGCGCCTGCTGGGGCTGAACGATCCGCTGATTCAAATc > 1:1349294/1‑150 (MQ=255) | TGATGACAGGCTGCCGCACCGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGTTCCCGACGCTGCCGTTTATGGCGCTGACCGCCACAGCCGACGACACCACGCGCCAGGATATCGTGCGCCTGCTGGGGCTGAACGATCCGCTGATTCAAATCAGC > CP009273/3999543‑3999841 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |