| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,086,311 | 0 | A | T | 29.9% | 519.9 / 295.3 | 314 | intergenic (‑128/+173) | frvA/rhaM | putative enzyme IIA component of PTS/L‑rhamnose mutarotase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (113/107); new base T (33/61); total (146/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.46e-03 | |||||||||||
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Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
GCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGGAGTAATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCGG > CP009273/4086163‑4086459 | ttGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGGAGTAATGCTCAt < 1:4538950/150‑1 (MQ=255) aGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGGGGTAATGCACATAATg > 2:3126793/1‑150 (MQ=255) gTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGGAGTAATGCACATAATgg < 2:4372383/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |