| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,144,163 | C→A | 22.1% | A205S (GCT→TCT) | argE ← | acetylornithine deacetylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,144,163 | 0 | C | A | 22.1% | 817.9 / 166.8 | 303 | A205S (GCT→TCT) | argE | acetylornithine deacetylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (117/119); new base A (24/43); total (141/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.25e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
GCAAATACGGTTAGAAGCGTCGCCACCGTGAATATGCCCGAGGTTGAGCGTAGGGTATGGCACGGTAAACGCTTCGTAGTGATAACGTTCTTTCAGGTTATCGCGCAATTGCAAAATATGCCCGATGGCGTCGTGCATTAGTTCGATAGCGTTAACTCCGCGTGCTGGATCGCTGGAGTGCCCCGACTGGCCCTGAATACGGATGGCGTTAGAGATATGACCTTTATGTGCGCGTACCGGTTGTAGTGACGTCGGTTCGCCAATGATGGCGCAATCCGGGCGCAGGGCGGTAGTTTCGG > CP009273/4144014‑4144312 | gcAAATACGGTTAGAAGCGTCGCCACCGTGAATATGCCCGAGGTTGAGCGTAGGGTATGGCACGGTAAACGCTTCGTAGTGATAACGTTCTTTCAGGTTATCGCGCAATTGCAAAATATGCCCGATGGCGTCGTGCATTAGTTCGATAGc > 1:1533453/1‑150 (MQ=255) cAAATACGGTTAGAAGCGTCGCCACCGTGAATATGCCCGAGGTTGAGCGTAGGGTATGGCACGGTAAACGCTTCGTAGTGATAACGTTCTTTCAGGTTATCGCGCAATTGCAAAATATGCCCGATGGCGTCGTGCATTAGTTCGATAGCg < 2:1739155/150‑1 (MQ=255) aTACGGTTAGAAGCGTCGCCACCGTGAATATGCCCGAGGTTGAGCGTAGGGTATGGCACGGTAAACGCTTCGTAGTGATAACGTTCTTTCAGGTTATCGCGCAATTGCAAAATATGCCCGATGGCGTCGTGCATTAGTTCGATAGCGTTa < 1:3457679/150‑1 (MQ=255) ggTTAGAAGCGTCGCCACCGTGAATATGCCCGAGGTTGAGCGTAGGGTATGGCACGGTAAACGCTTCGTAGTGATAACGTTCTTTCAGGTTATCGCGCAATTGCAAAATATGCCCGATGGCGTCGTGCATTAGTTCGATAGCGTTAACTc > 1:4580541/1‑150 (MQ=255) ggTTAGAAGCGTCGCCAACGTGAATATGCCCGAGGTTGAGCGTAGGGTATTGCACGGTAAACGCTTCGTAGTGATAACGTTCTTTCAGGTTATCGCGAAATTGCAAAATATGTCCGATGGCGTCGTGCATTAGTTCGATAGCGTTAACTc < 2:789520/150‑1 (MQ=255) gTTAGAAGCGTCGCCACCGTGAATATGCCCGAGGTTGAGCGTAGGGTATGGCACGGTAAACGCTTCGTAGTGATAACGTTCTTTCAGGTTATCGCGCAATTGCAAAATATGCCCGATGGCGTCGTGCATTAGTTCGATAGCGTTAACTcc > 1:1114738/1‑150 (MQ=255) ttAGAAGCGTCGCCACCGTGAATATGCCCGAGGTTGAGCGTAGGGTATGGCACGGTAAACGCTTCGTAGTGATAACGTTCTTTCAGGTTATCGCGCAATTGCAAAATATGCCCGATGGCGTCGTGCATTAGTTCGATAGAGTTAACTCcg > 1:2669558/1‑150 (MQ=255) aGAAGCGTCGCCACCGTGAATATGCCCGAGGTTGAGCGTAGGGTATGGCACGGTAAACGCTTCGTAGTGATAACGTTCTTTCAGGTTATCGCGCAATTGCAAAATATGCCCGATGGCGTCGTGCATTAGTTCGATAGCGTTAACTCcgcg < 1:4274263/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |