| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,167,995 | G→T | 29.5% | D109Y (GAT→TAT) | nusG → | transcription termination factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,167,995 | 0 | G | T | 29.5% | 646.8 / 235.0 | 302 | D109Y (GAT→TAT) | nusG | transcription termination factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (109/104); new base T (40/49); total (149/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
AGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGTTTGAACCGGGTGAAATGGTCCGTGTTAATGATGGTCCGTTCGCTGACTTCAACGGTGTTGTTGAAGAAGTGGATTACGAGAAATCTCGTCTG > CP009273/4167848‑4168144 | cGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGc > 2:3844505/1‑150 (MQ=255) aCGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGAt > 1:3873485/1‑150 (MQ=255) cGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGAtt < 2:4616487/150‑1 (MQ=255) gTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCTATGCGATTa < 1:3205103/150‑1 (MQ=255) gTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTa > 2:4279152/1‑150 (MQ=255) tAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTAt > 2:929015/1‑150 (MQ=255) tAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTAt > 2:3252010/1‑150 (MQ=255) tAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTAt < 1:4498454/150‑1 (MQ=255) tcCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGcc > 1:1604716/1‑150 (MQ=255) tcCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGcc > 2:1097748/1‑150 (MQ=255) tcCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGcc < 1:2254052/150‑1 (MQ=255) cTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCTATGCGATTATGAACCGCCTgc > 2:795019/1‑150 (MQ=255) tGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTgca > 2:1223341/1‑150 (MQ=255) ggCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTgcag > 2:3813421/1‑150 (MQ=255) cTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTgcagca < 2:3730294/150‑1 (MQ=255) tACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCTATGCGATTATGAACCGCCTGcagcag > 2:2628865/1‑150 (MQ=255) gTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCTATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGtt > 2:4099037/1‑150 (MQ=255) gTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGtt < 2:2718939/150‑1 (MQ=255) 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tCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATaa > 2:365497/1‑150 (MQ=255) tGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCcgc > 1:1011080/1‑150 (MQ=255) gTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCTATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGt > 2:1524262/1‑150 (MQ=255) gTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGt > 2:871413/1‑150 (MQ=255) tgatgaACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCTATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTc > 1:4638726/1‑150 (MQ=255) tgatgaACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCTATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTc < 2:2097717/150‑1 (MQ=255) atgaACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCTATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCg > 1:585094/1‑150 (MQ=255) atgaACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCg > 2:2564298/1‑150 (MQ=255) atgaACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCg < 1:2282539/150‑1 (MQ=255) tgaACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGa > 2:1945003/1‑150 (MQ=255) aaCGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGaaa > 1:1399179/1‑150 (MQ=255) cgacgCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAAc < 2:2865112/150‑1 (MQ=255) cgacgCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAAc > 1:115625/1‑150 (MQ=255) cgcgAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCTATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCt < 1:3763434/150‑1 (MQ=255) cgAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGt > 2:2270285/1‑150 (MQ=255) gAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGtt > 1:1781382/1‑150 (MQ=255) aGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCTATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGttt > 1:2476158/1‑150 (MQ=255) aGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGttt < 2:3944167/150‑1 (MQ=255) gCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCTATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGTTTg < 1:4202380/150‑1 (MQ=255) gCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGTTTg > 2:1773166/1‑150 (MQ=255) 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tGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGTTTGAACCGGGTg > 2:4353167/1‑150 (MQ=255) ggTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCTATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGTTTGAACCGGGTGa < 2:1750338/150‑1 (MQ=255) gTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCTATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGTTTGAACCGGGTGaa > 2:129172/1‑150 (MQ=255) gcgcAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCTATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGTTTGAACCGGGTGAAAt < 2:4382466/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCTATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGTTTGAACCGGGTGAAAt < 2:2052832/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |