Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,219,550 | C→A | 16.2% | R174L (CGT→CTT) | pepE ← | (alpha)‑aspartyl dipeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,219,550 | 0 | C | A | 16.2% | 1100.4 / 125.1 | 337 | R174L (CGT→CTT) | pepE | (alpha)‑aspartyl dipeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (127/155); new base A (36/19); total (163/174) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.57e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 341 total aligned reads displayed.
CCAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACGCTGCTCACGGGTTTCACCTTTATGGCCTTCCGGCAGCGCGTTGGTGAAGTGCGGGTTGATTTGCAGCGGGAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGG > CP009273/4219401‑4219699 | ccAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATAc > 1:4032699/1‑150 (MQ=255) aGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACgc > 1:2161899/1‑150 (MQ=255) gCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATAAgct < 1:339131/150‑1 (MQ=255) ggAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACgctgc > 1:3735704/1‑150 (MQ=255) gAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACgctgct > 1:1698094/1‑150 (MQ=255) ccGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATAAGCTGCTCAc > 1:823993/1‑150 (MQ=255) cGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACGCTGCTCACg < 2:1577027/150‑1 (MQ=255) ttcttcACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACGCTGCTCACGGGt < 2:1219127/150‑1 (MQ=255) cttcACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACGCTGCTCACGGGttt > 1:1459343/1‑150 (MQ=255) ttcACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACGCTGCTCACGGGTTTc > 2:439394/1‑150 (MQ=255) cACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACGCTGCTCACGGGTTTCAc > 1:2956410/1‑150 (MQ=255) cACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACGCTGCTCACGGGTTTCAc < 1:4229488/150‑1 (MQ=255) cACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACGCTGCTCACGGGTTTCAc < 1:4229656/150‑1 (MQ=255) aCCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACGCTGCTCACGGGTTTCAcc > 1:3237694/1‑150 (MQ=255) cAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATAAGCTGCTCACGGGTTTCACCtt > 2:436815/1‑150 (MQ=255) cAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATAAGCTGCTCACGGGTTTCACCtt > 2:2754037/1‑150 (MQ=255) aGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACGCTGCTCACGGGTTTCACCttt > 1:716056/1‑150 (MQ=255) aGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATAAGCTGCTCACGGGTTTCACCttt > 1:1322176/1‑150 (MQ=255) 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agcagTTCGCGAATAAGCTGCTCACGGGTTTCACCTTTATGGCCTTCCGGCAGCGCGTTGGTGAAGTGCGGGTTGATTTGCAGCGGGAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATa > 1:4132249/1‑150 (MQ=255) gcagTTCGCGAATACGCTGCTCACGGGTTTCACCTTTATGGCCTTCCGGCAGCGCGTTGGTGAAGTGCGGGTTGATTTGCAGCGGGAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAg < 2:592922/150‑1 (MQ=255) agTTCGCGAATACGCTGCTCACGGGTTTCACCTTTATGGCCTTCCGGCAGCGCGTTGGTGAAGTGCGGGTTGATTTGCAGCGGGAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGtt > 2:1702858/1‑150 (MQ=255) cgcgAATACGCTGCTCACGGGTTTCACCTTTATGGCCTTCCGGCAGCGCGTTGGTGAAGTGCGGGTTGATTTGCAGCGGGAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGgc > 1:1119494/1‑150 (MQ=255) gcgAATACGCTGCTCACGGGTTTCACCTTTATGGCCTTCCGGCAGCGCGTTGGTGAAGTGCGGGTTGATTTGCAGCGGGAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGgca > 1:1269990/1‑150 (MQ=255) 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aCGCTGCTCACGGGTTTCACCTTTATGGCCTTCCGGCAGCGCGTTGGTGAAGTGCGGGTTGATTTGCAGCGGGAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGcaagcaag > 1:4076242/1‑150 (MQ=255) cGCTGCTCACGGGTTTCACCTTTATGGCCTTCCGGCAGCGCGTTGGTGAAGTGCGGGTTGATTTGCAGCGGGAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAgg > 2:626341/1‑150 (MQ=255) | CCAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAGTTACCTTCCGGTAGACCAATAATCGTCAGTTCTGGCGCGACGACCAGCAGTTCGCGAATACGCTGCTCACGGGTTTCACCTTTATGGCCTTCCGGCAGCGCGTTGGTGAAGTGCGGGTTGATTTGCAGCGGGAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGG > CP009273/4219401‑4219699 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |