| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,247,427 | G→T | 16.2% | D129Y (GAC→TAC) | lexA → | transcriptional repressor of SOS regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,247,427 | 0 | G | T | 16.2% | 862.1 / 98.9 | 265 | D129Y (GAC→TAC) | lexA | transcriptional repressor of SOS regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (114/108); new base T (22/21); total (136/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
GGTCGTGTGGCTGCCGGTGAACCACTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTCGTTGTCGCACGTATTGATGACGAAGTTACCGTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCAATAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTC > CP009273/4247280‑4247576 | ggTCGTGTGGCTGCCGGTGAACCACTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGAc > 1:2745817/1‑150 (MQ=255) tgtgGCTGCCGGTGAACCACTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCt < 2:1008405/150‑1 (MQ=255) tGCCGGTGATCCACTTCTGGCGCAACAGCTTATTGTAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCTAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGt < 1:2286584/150‑1 (MQ=255) gCCGGTGAACCACTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTTACTTGCTGGCAGTg < 2:4385386/150‑1 (MQ=255) ccGGTGAACCACTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTTACTTGCTGGCAGTGc < 1:4266171/150‑1 (MQ=255) gTGAACCACTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATa > 1:4188787/1‑150 (MQ=255) tGAACCACTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATaa > 1:3166896/1‑150 (MQ=255) gAACCACTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATaaa < 1:2118183/150‑1 (MQ=255) aaCCACTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTTACTTGCTGGCAGTGCATaaaa > 2:1914407/1‑150 (MQ=255) ccACTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACt > 2:3462644/1‑150 (MQ=255) ccACTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACt > 1:29384/1‑150 (MQ=255) aCTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTTACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCa > 2:1385053/1‑150 (MQ=255) aCTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCa < 1:4343562/150‑1 (MQ=255) tGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATg < 1:2585987/150‑1 (MQ=255) ggCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGt < 2:560721/150‑1 (MQ=255) cgcAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTAc < 2:2886688/150‑1 (MQ=255) aCAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTaa < 1:3087585/150‑1 (MQ=255) aGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTTACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACg < 2:1730696/150‑1 (MQ=255) aGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTTACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACg > 1:3418232/1‑150 (MQ=255) gCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACgg < 2:4063168/150‑1 (MQ=255) tatTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCa < 1:1640668/150‑1 (MQ=255) tatTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCa > 2:3757593/1‑150 (MQ=255) tatTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCa > 2:3219695/1‑150 (MQ=255) atTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAg < 1:22698/150‑1 (MQ=255) ttGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAgg < 1:1504673/150‑1 (MQ=255) gAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTc < 2:4072433/150‑1 (MQ=255) gAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTc > 2:1513659/1‑150 (MQ=255) gAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTc < 1:3256677/150‑1 (MQ=255) ggTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTCGtt > 1:3558555/1‑150 (MQ=255) ggTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTCGtt > 1:1070164/1‑150 (MQ=255) cATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTTACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTCGTTGTc > 1:181104/1‑150 (MQ=255) cATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTTACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTCGTTGTc > 1:4140571/1‑150 (MQ=255) cATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTCGTTGTc < 1:2120810/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |