Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,256,589 | G→T | 57.7% | E294* (GAA→TAA) | alr → | alanine racemase, biosynthetic, PLP‑binding |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,256,589 | 0 | G | T | 57.7% | 36.8 / inf | 326 | E294* (GAA→TAA) | alr | alanine racemase, biosynthetic, PLP‑binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (76/62); new base T (89/98); total (166/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 |
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
CGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGAAAGTAAGCGCTTAC > CP009273/4256442‑4256738 | cgtgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGaa < 2:1476039/150‑1 (MQ=255) gtgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAg > 2:885296/1‑150 (MQ=255) gtgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAg > 1:3189623/1‑150 (MQ=255) gtgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAg < 1:2387990/150‑1 (MQ=255) gCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTAcc > 1:417543/1‑150 (MQ=255) gCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTAcc < 1:253455/150‑1 (MQ=255) cATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCg > 1:1715494/1‑150 (MQ=255) cATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCg < 1:1313205/150‑1 (MQ=255) aTAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGa < 2:389158/150‑1 (MQ=255) tAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGAt < 2:3607023/150‑1 (MQ=255) tAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGAt > 1:611116/1‑150 (MQ=255) aaaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGAtt < 1:1409953/150‑1 (MQ=255) aGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGt > 2:2201971/1‑150 (MQ=255) aGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGt < 2:2833055/150‑1 (MQ=255) cGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTcag < 2:1064812/150‑3 (MQ=255) ggAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCggg < 2:3469098/150‑1 (MQ=255) agagCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGgcg > 1:2490795/1‑150 (MQ=255) agCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGcgcg > 2:2404254/1‑150 (MQ=255) 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aaCCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTg > 1:11062/1‑150 (MQ=255) tGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTa > 2:3752474/1‑150 (MQ=255) tGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTa > 1:4097135/1‑150 (MQ=255) tGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGGACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTTCCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTa < 2:732259/150‑1 (MQ=255) gggTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAg < 2:1447083/150‑1 (MQ=255) 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aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTa > 1:3944270/1‑150 (MQ=255) cGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAgg > 1:2842416/1‑150 (MQ=255) gAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGt > 2:4084041/1‑150 (MQ=255) gAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGt > 2:539759/1‑150 (MQ=255) aCGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTcc < 2:1903670/150‑1 (MQ=255) 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cgAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGAAAGTAAGCGCTTa < 2:470741/150‑1 (MQ=255) gAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGAAAGTAAGCGCTTAc > 2:1744306/1‑150 (MQ=255) | CGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGAAAGTAAGCGCTTAC > CP009273/4256442‑4256738 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |