Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,266,665 | G→T | 13.7% | D423Y (GAT→TAT) | yjcC → | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,266,665 | 0 | G | T | 13.7% | 977.9 / 87.2 | 289 | D423Y (GAT→TAT) | yjcC | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (121/128); new base T (24/15); total (146/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-01 |
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
TAGCGCGAATCAATCAGAAAACAGAGCAATACGCGGTGCGTCCGCAGCAAATTAAATTTGAAGTGACTGAGCATGCATTTCTTGATGTTGACAAAATGACGCCGATTATTCTGGCTTTCCGCCAGGCAGGTTACGAAGTGGCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGACCACCCACAAAACCAGTCATTTGATTGCGGAACACATCATCGAGCTGGCGCACAGCCT > CP009273/4266516‑4266813 | tAGCGCGAATCAATCAGAAAACAGAGCAATACGCGGTGCGTCCGCAGCAAATTAAATTTGAAGTGACTGAGCATGCATTTCTTGATGTTGACAAAATGACGCCGATTATTCTGGCTTTCCGCCAGGCAGGTTACGAAGTGGCAATtgatg < 2:3813589/150‑1 (MQ=255) gcgcGAATCAATCAGAAAACAGAGCAATACGCGGTGCGTCCGCAGCAAATTAAATTTGAAGTGACTGAGCATGCATTTCTTGATGTTGACAAAATGACGCCGATTATTCTGGCTTTCCGCCAGGCAGGTTACGAAGTGGCAATTgattat > 1:98126/1‑150 (MQ=255) cgAATCAATCAGAAAACAGAGCAATACGCGGTGCGTCCGCAGCAAATTAAATTTGAAGTGACTGAGCATGCATTTCTTGATGTTGACAAAATGACGCCGATTATTCTGGCTTTCCGCCAGGCAGGTTACGAAGTGGCAATTGATGAtttt > 2:3226527/1‑150 (MQ=255) 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caggTTACGAAGTGGCAATTGATTATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGACCACCCACAAAACCAGTCATTTGATTGCGGAAcaca < 2:2391923/150‑1 (MQ=255) tACGAAGTGGCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGACCACCCACAAAACCAGTCATTTGATTGCGGAACACatcatc < 1:605924/150‑1 (MQ=255) gAAGTGGCAATTGATTATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGACCACCCACAAAACCAGTCATTTGATTGCGGAACACATCATCGAg < 1:4104509/150‑1 (MQ=255) gAAGTGGCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGACCACCCACAAAACCAGTCATTTGATTGCGGAACACATCATCGAg < 1:2957725/150‑1 (MQ=255) ggCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTATCTTGCATATCCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGATACGCTGACCACCCACTAAACCAGTCATTTGATTGCGGAACACATCATCGAGCTGgc < 2:3290716/150‑1 (MQ=255) ggCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGACCACCCACAAAACCAGTCATTTGATTGCGGAACACATCATCGAGCTGgc < 1:1852596/150‑1 (MQ=255) ggCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGACCACCCACAAAACCAGTCATTTGATTGCGGAACACATCATCGAGCTGgc < 2:3311782/150‑1 (MQ=255) gCAATTTATGATTTTGGTAATGGCAACTCTAACTTTCATAAACTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACCAATCGTATGATGAAACGCTGACCACCCACAAAACCAGTCATTAGATTGCGGAACACATCATCTATCTGgct > 2:399705/1‑149 (MQ=255) ttGATTATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGACCACCCACAAAACCAGTCATTTGATTGCGGAACACATCATCGAGCTGGCGcaca > 1:169516/1‑150 (MQ=255) tgatgaTTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGACCACCCACAAAACCAGTCATTTGATTGCGGAACACATCATCGAGCTGGCGCACAg > 1:2491306/1‑150 (MQ=255) atgatTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGACCACCCACAAAACCAGTCATTTGATTGCGGAACACATCATCGAGCTGGCGCACAGcc > 2:666077/1‑150 (MQ=255) tgatTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGACCACCCACAAAACCAGTCATTTGATTGCGGAACACATCATCGAGCTGGCGCACAGCCt > 2:40545/1‑150 (MQ=255) | TAGCGCGAATCAATCAGAAAACAGAGCAATACGCGGTGCGTCCGCAGCAAATTAAATTTGAAGTGACTGAGCATGCATTTCTTGATGTTGACAAAATGACGCCGATTATTCTGGCTTTCCGCCAGGCAGGTTACGAAGTGGCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGACCACCCACAAAACCAGTCATTTGATTGCGGAACACATCATCGAGCTGGCGCACAGCCT > CP009273/4266516‑4266813 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |