| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,270,316 | G→T | 66.2% | E137* (GAA→TAA) | yjcE → | putative cation/proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,270,316 | 0 | G | T | 66.2% | 235.4 / inf | 293 | E137* (GAA→TAA) | yjcE | putative cation/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/63); new base T (85/109); total (121/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
GCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATG > CP009273/4270167‑4270465 | gcgctggcgctgGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAggg < 2:1567532/150‑1 (MQ=255) cgctggcgctggTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCTAAGGgc < 2:424520/150‑1 (MQ=255) cgctggTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCTAAGGGCGCATcc > 2:703154/1‑150 (MQ=255) cgctggTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATcc < 2:1554719/150‑1 (MQ=255) ctggTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCTAAGGGCGCATCCCg < 2:3901252/150‑1 (MQ=255) tggtggtggTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCTAAGGGCGCATCCCGa < 2:2906376/150‑1 (MQ=255) tggtggtggTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCTAAGGGCGCATCCCGa > 1:368256/1‑150 (MQ=255) tggtggtggTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCGGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCTAAGGGCGCATCCCGa > 1:1506811/1‑150 (MQ=255) ggtggtggtCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGaa > 1:2318199/1‑150 (MQ=255) ggtCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCTAAGGGCGCATCCCGAAAAAAAt < 1:2853020/150‑1 (MQ=255) aCCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCTAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATg > 2:2473988/1‑150 (MQ=255) tGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCTAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCa > 1:1097343/1‑150 (MQ=255) tCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCTAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCAttt < 2:3763080/150‑1 (MQ=255) tCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACAGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCTAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCAttt < 2:915467/150‑1 (MQ=255) cATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCTAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCa > 1:2623105/1‑150 (MQ=255) ttGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCTAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAgg < 1:1184546/150‑1 (MQ=255) tGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAggg > 1:2210261/1‑150 (MQ=255) tGGCTTCCTTATTTAATGGGTGGAGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTAGGCTAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATAAAGGGCATATAGCAggg > 2:758764/1‑150 (MQ=255) 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ggCTAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAAttt < 1:4366126/150‑1 (MQ=255) gAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATg > 1:1444534/1‑150 (MQ=255) | GCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATG > CP009273/4270167‑4270465 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |