| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,402,105 | A→T | 11.5% | I104F (ATT→TTT) | yjfL → | UPF0719 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,402,105 | 0 | A | T | 11.5% | 795.8 / 73.5 | 258 | I104F (ATT→TTT) | yjfL | UPF0719 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (119/109); new base T (18/12); total (137/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
ATTGTTGGGTTACGTTATCCCCTTATCCAGTGCGGCAATCAATGCGGTGAGTATTCCAGACTATTTCGCCTGGGGCGGGATTGCACTGGTGATTCAGTTACTCGTTTTTGCTGGTGTCAGACTTTATATGCCCGCATTAAGCGAAAAAATTATTAATCACAATACCGCAGCAGGAATGTTTATGGGAACCGCCGCGCTGGCTGGCGGTATTTTTAACGCAGCTTGTATGACATGGTAATGGACGATCATGGCCAGAAAACGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCG > CP009273/4401957‑4402254 | tgttgGGTTACGTTATCCCCTTATCCAGTGCGGCAATCAATGCGGTGAGTATTCCAGACTATTTCGCCTGGGGCGGGATTGCACTGGTGATTCAGTTACTCGTTTTTGCTGGTGTCAGACTTTATATGCCCGCATTAAGCGAAAAAatta < 1:4248554/150‑1 (MQ=255) tgttgGGTTACGTTATCCCCTTATCCAGTGCGGCAATCAATGCGGTGAGTATTCCAGACTATTTCGCCTGGGGCGGGATTGCACTGGTGATTCAGTTACTCGTTTTTGCTGGTGTCAGACTTTATATGCCCGCATTAAGCGAAAAAatta > 2:4356139/1‑150 (MQ=255) gttgGGTTACGTTATCCCCTTATCCAGTGCGGCAATCAATGCGGTGAGTATTCCAGACTATTTCGCCTGGGGCGGGATTGCACTGGTGATTCAGTTACTCGTTTTTGCTGGTGTCAGACTTTATATGCCCGCATTAAGCGAAAAAattat > 2:1441338/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |