| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,442,839 | C→A | 15.4% | A151E (GCG→GAG) | ytfT → | inner membrane putative ABC superfamily sugar transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,442,839 | 0 | C | A | 15.4% | 954.8 / 102.1 | 290 | A151E (GCG→GAG) | ytfT | inner membrane putative ABC superfamily sugar transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (126/119); new base A (21/24); total (147/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
GGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCG > CP009273/4442690‑4442987 | ggTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgc < 2:3428624/150‑1 (MQ=255) gTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgcg < 1:3958105/150‑1 (MQ=255) gTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgcg > 2:1656663/1‑150 (MQ=255) gTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgcg < 1:1210289/150‑1 (MQ=255) tCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgcgc > 1:2011210/1‑150 (MQ=255) cgGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAAc > 2:4218895/1‑150 (MQ=255) gggATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACt < 2:4047272/150‑1 (MQ=255) ggATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCCGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGAGCAACTg > 1:52964/1‑150 (MQ=255) ttCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATc < 2:1550617/150‑1 (MQ=255) aGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCAcc > 1:191104/1‑150 (MQ=255) cTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCAccgcc < 1:532843/150‑1 (MQ=255) tGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCAccgccg > 1:3421572/1‑150 (MQ=255) tGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCAccgccg < 2:2606001/150‑1 (MQ=255) tGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCAccgccg > 2:1288876/1‑150 (MQ=255) gCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCgg < 2:884423/150‑1 (MQ=255) gCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCgg < 2:2874988/150‑1 (MQ=255) gCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCgg < 1:4297086/150‑1 (MQ=255) ccGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCggg > 1:1691517/1‑150 (MQ=255) aTTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGNGGCGTGGAGCAACTGATCACCGCCGGGCAg < 1:4284273/150‑1 (MQ=255) tgttttgttAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGAt > 1:2242599/1‑150 (MQ=255) tgttttgttAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGAGCAACTGATCACCGCCGGGCAGAt > 1:1108337/1‑150 (MQ=255) gttttgttAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGAGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATc < 1:811605/150‑1 (MQ=255) ccTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTc > 2:4608181/1‑150 (MQ=255) tGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGc > 1:3596642/1‑150 (MQ=255) tGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGc > 2:4125863/1‑150 (MQ=255) tGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGAGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGc > 2:4471523/1‑150 (MQ=255) ggCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCg > 1:4066155/1‑150 (MQ=255) aCCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGAt > 2:1936952/1‑150 (MQ=255) 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ggCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGgc < 2:3547679/150‑1 (MQ=255) gcgcAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGgcg < 1:4272501/150‑1 (MQ=255) | GGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCG > CP009273/4442690‑4442987 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |