Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,546,426 | G→T | 38.2% | intergenic (‑289/‑384) | yjiC ← / → iraD | uncharacterized protein/RpoS stabilzer after DNA damage, anti‑RssB factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,546,426 | 0 | G | T | 38.2% | 403.6 / 285.8 | 281 | intergenic (‑289/‑384) | yjiC/iraD | uncharacterized protein/RpoS stabilzer after DNA damage, anti‑RssB factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (84/89); new base T (51/56); total (136/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
AAACACTCTAAAGTATCAAAAAACGCTCATTTAAAATTATTTGCATGCAATTTAAAAGCATATCTTATTACTAATTGGAATTTGATGTTGCTATATTGAGGTCTATATTAATAATGCCTGTGAATGGTATTTTTGATGTATTTGATATGTTATCAATTTATATTATTTACAAACTAATTGTTTCAAATAATACATGGCTGATTATGCGGAAATAAATAATTTCCCACCGGAATTAAGTAGCAGCGGTGACAAGTATTTTCATCTACGTAACTATTCGGAATATTCAGAATATACTAGC > CP009273/4546278‑4546575 | aaaCACTCTAAAGTATCAAAAAACGCTCATTTAAAATTATTTGCATGCAATTTAAAAGCATATCTTATTACTAATTGGAATTTGATGTTGCTATATTGAGGTCTATATTAATAATGCCTGTGAATGGTATTTTTGATGTATTTGATATGt > 2:3464036/1‑150 (MQ=255) ctAAAGTATCAAAAAACGCTCATTTAAAATTATTTGCATGCAATTTAAAAGCATATCTTATTACTAATTGGAATTTGATGTTGCTATATTGAGGTCTATATTAATAATGCCTGTGAATGGTATTTTTGATGTATTTGATATGTTATCAAt < 2:391033/150‑1 (MQ=255) tAAAGTATCAAAAAACGCTCATTTAAAATTATTTGCATGCAATTTAAAAGCATATCTTATTACTAATTGGAATTTGATGTTGCTATATTGAGGTCTATATTAATAATGCCTGTGAATGGTATTTTTGATGTATTTGATATGTTATCAAtt > 1:1646871/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |