| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,559,831 | G→T | 17.3% | intergenic (+96/+148) | yjiP → / ← yjiR | pseudogene, transposase_31 family protein/putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,559,831 | 0 | G | T | 17.3% | 888.7 / 110.2 | 290 | intergenic (+96/+148) | yjiP/yjiR | pseudogene, transposase_31 family protein/putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (103/136); new base T (20/31); total (123/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
GCATTAAGGCAGCCCTTGCCTGAGCGTGAGCGCTATTCATGGCTCAAGAGCTAATCAGAGACGGATGACAAACGCAAAGCAGCCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGACCTGGTCAGGCGTTCACATGGCATCCGGCATGAACAAAGCGTACTTTGCTTAATTCAGGCTGGAACGTGGCGATGACCCAGCAAAGATAAAACGAGTCACAGGTTATGCATGAGAGGAAATCAGGCGCTTCGCCGCTATTTCGAATTT > CP009273/4559682‑4559980 | gCATTAAGGCAGCCCTTGCCTGAGCGTGAGCGCTATTCATGGCTCAAGAGCTAATCAGAGACGGATGACAAACGCAAAGCAGCCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAg < 1:256078/150‑1 (MQ=255) aTTAAGGCAGCCCTTGCCTGAGCGTGAGCGCTATTCATGGCTCAAGAGCTAATCAGAGACGGATGACAAACGCAAAGCAGCCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTATAc < 2:1383123/150‑1 (MQ=255) aTTAAGGCAGCCCTTGCCTGAGCGTGAGCGCTATTCATGGCTCAAGAGCTAATCAGAGACGGATGACAAACGCAAAGCAGCCTGATGCGCTATGCTTATCAGGTCTACATAACCCATTAAATATATTGAACTTTAAAGATTTTTGTAGAc > 2:3524486/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |