Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,564,939 | G→T | 20.5% | pseudogene (1204/2937 nt) | yjiV → | pseudogene; conserved hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,564,939 | 0 | G | T | 20.5% | 874.3 / 142.9 | 304 | pseudogene (1204/2937 nt) | yjiV | pseudogene; conserved hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (119/122); new base T (34/29); total (153/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
AGCCGCGACTATCCTGGTATCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTCATGCGTCGCCCTAAACGGACTAACAGCCTGGAAACACAGGGGCTGGTTCAGGTTGGTTACCAGGGGCTGGAGAAAATACATAAGAGCCCCTTGCACTGGCAGGAAAAAGGATTAACGCTGGATGAC > CP009273/4564791‑4565088 | gCCGCGACTATCCTGGTATCCCGAACCTGGACGGATATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGaa < 1:812774/150‑1 (MQ=255) cgcgACTATCCTGGTATCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTTAAAt > 1:1460064/1‑150 (MQ=255) cgACTATCCTGGTATCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAAtgt < 2:2704804/150‑1 (MQ=255) gACTATCCTGGTATCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAAtgtt > 1:3743232/1‑150 (MQ=255) gACTATCCTGGTATCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAAtgtt < 2:2218262/150‑1 (MQ=255) tATCCTGGTATCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAAtgttgtt > 1:2038303/1‑150 (MQ=255) tATCCTGGTATCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCAATATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGTCGGCCACCTTAAGCTTTCTGAAAtgttgtt > 1:3335168/1‑150 (MQ=255) ccTGGTATCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATgttgttgtt < 2:2539365/150‑1 (MQ=255) ccTGGTATCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATgttgttgtt > 1:491709/1‑150 (MQ=255) ggTATCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAAGGTTGTTGTTCCg > 2:172067/1‑150 (MQ=255) tATCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTTAAATGTTGTTGTTCCggg < 2:3936117/150‑1 (MQ=255) tATCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTTAAATGTTGTTGTTCCggg < 1:3569566/150‑1 (MQ=255) tATCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCggg > 2:1298973/1‑150 (MQ=255) aTCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTTAAATGTTGTTGTTCCGGGa > 1:2953414/1‑150 (MQ=255) tCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCGGGaa < 1:454085/150‑1 (MQ=255) ccGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCGGGAAtt < 2:2177646/150‑1 (MQ=255) gAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTCa > 2:3407072/1‑150 (MQ=255) tGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTTAGCTTTCTGTATTGTTGTTGTTCCGGGAATTCATGCGt > 2:3855686/1‑150 (MQ=255) 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aCGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTCATGCGTCGCCCTAAACGGACTa > 2:4025222/1‑150 (MQ=255) cGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTCATGCGTCGCCCTAAACGGACTaa < 2:1944395/150‑1 (MQ=255) gAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTCATGCGTCGCCCTAAACGGACTAAc > 2:3554583/1‑150 (MQ=255) gCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTTAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTCATGCGTCGCCCTAAACGGACTAACAg > 2:4197311/1‑150 (MQ=255) tAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTCATGCGTCGCCCTAAACGGACTAACAGCCt < 1:4109418/150‑1 (MQ=255) 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gagCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTCATGCGTCGCCCTAAACGGACTAACAGCCTGGAAacac < 1:173082/150‑1 (MQ=255) gCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTCATGCGTCGCCCTAAACGGACTAACAGCCTGGAAACACAg < 2:920245/150‑1 (MQ=255) ccGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTTAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTCATGCGTCGCCCTAAACGGACTAACAGCCTGGAAACACAgg < 1:1443908/150‑1 (MQ=255) ccGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGGTGTTGTTCCGGGAATTCATGCGTCGCCCTAAACGGACTAACAGCCTGGAAACACAgg > 2:1525282/1‑150 (MQ=255) gATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTCATGCGTCGCCCTAAACGGACTAACAGCCTGGAAACACAgggg > 1:2488412/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |