| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,567,114 | 0 | G | A | 10.4% | 1028.5 / 76.2 | 318 | S221F (TCT→TTT) | mcrC | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme McrBC, subunit McrC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (144/141); new base A (20/13); total (164/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
TTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGTCAACGATAAGTATTTTTTCTGATGAGCGAATGGTGATGTCAGTTTCCATTCGAGGTAACAAATTAAGTGACTGATCCGATATACTCGATGCATCCCATTTTAAATAAGAGCGGGTTGTGTTTGCAGACGTTAATTCACGACGGCAAAATTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATG > CP009273/4566965‑4567263 | ttCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGTCAACGATAAGTATTTTTTCTGATGAGCGAATGGTGATGTCAGTTTCCATTCGAGGTAACAAATTAAGTGACTGATCCGATATACTCGATGCATCCCATTTTAAATAag < 2:100796/150‑1 (MQ=255)ttCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGTCAACGATAAGTATTTTTTCTGATGAGCGAATGGTGATGTCAGTTTCCATTCGAGGTAACAAATTAAGTGACTGATCCGATATACTCGATGCATCCCATTTTAAATAag < 2:2414052/150‑1 (MQ=255) ccATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGTCAACGATAAGTATTTTTTCTGATGAGCGAATGGTGATGTCAGTTTCCATTCGAGGTAACAAATTAAGTGACTGATCCGATATACTCGATGCATCCCATTTTAAATAAGAGc > 2:347027/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |