| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,586,074 | G→T | 41.4% | V90F (GTT→TTT) | yjjN → | L‑galactonate oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,586,074 | 0 | G | T | 41.4% | 285.1 / 272.5 | 241 | V90F (GTT→TTT) | yjjN | L‑galactonate oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (70/71); new base T (46/54); total (116/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
CGGTACCGATATTCATGCCTGGGGTGGAAATCAACCATTTTTTAGTTATCCACGTGTTTTAGGCCATGAAATATGTGGGGAGATTGTTGGGCTGGGTAAAAATATTGCTGATCTTAAAAATGGTCAGCAAGTTGCTGTGATCCCTTATGTTGCCTGTCAGCAATGCCCGGCGTGTAAAAGCGGGCGTACCAATTGCTGTGAAAAAATTTCAGTCATTGGCGTGCATCAGGATGGCGGTTTTAGTGAGTATTTGAGCGTGCCGGTGGCGAACATTTTGCCCGCAGACGGTATTGACC > CP009273/4585926‑4586221 | ggTACCGATATTCATGCCTGGGGTGGAAATCAACCATTTTTTAGTTATCCACGTGTTTTAGGCCATGAAATATGTGGGGAGATTGTTGGGCTGGGTAAAAATATTGCTGATCTTAAAAATGGTCAGCAAGTTGCTGTGATCCCTTAtttt > 1:404036/1‑150 (MQ=255) ggTACCGATATTCATGCCTGGGGTGGAAATCAACCATTTTTTAGTTATCCACGTGTTTTAGGCCATGAAATATGTGGGGAGATTGTTGGGCTGGGTAAAAATATTGCTGATCTTAAAAATGGTCAGCAAGTTGCTGTGATCCCTTAtttt > 1:403907/1‑150 (MQ=255) ggTACCGATATTCATGCCTGGGGTGGAAATCAACCATTTTTTAGTTATCCACGTGTTTTAGGCCATGAAATATGTGGGGAGATTGTTGGGCTGGGTAAAAATATTGCTGATCTTAAAAATGGTCAGCAAGTTGCTGTGATCCCTTATGtt > 1:3731454/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |