Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,602,307 | T→A | 19.1% | L27Q (CTG→CAG) | yjjU → | putative patatin‑like family phospholipase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,602,307 | 0 | T | A | 19.1% | 757.1 / 170.2 | 303 | L27Q (CTG→CAG) | yjjU | putative patatin‑like family phospholipase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (124/121); new base A (30/28); total (154/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 |
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
TTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACCTCTCGGCGTTTATCTGCAATCAGCCCGGTT > CP009273/4602158‑4602456 | tttGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGctct < 1:820544/150‑1 (MQ=255) tttGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGctct < 1:542238/150‑1 (MQ=255) tttGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCATTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGctct < 2:2247697/150‑1 (MQ=255) 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ttGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGgcg < 2:603016/150‑1 (MQ=255) ttGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGgcg < 1:2870497/150‑1 (MQ=255) gCTAAGGCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGaa < 1:2127719/150‑1 (MQ=255) ccAGCCTGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACCTCTCGGCGtt < 1:2030909/150‑1 (MQ=255) aGCCTGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACCTCTCGGCGTTTa < 2:3110543/150‑1 (MQ=255) 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aTAGCTCAGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCCCAGAACCTCTCGGCGTTTATCTGCAATCAg < 1:2381569/150‑1 (MQ=255) ctctGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACCTCTCGGCGTTTATCTGCAATCAGCCCg < 1:3940544/150‑1 (MQ=255) | TTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACCTCTCGGCGTTTATCTGCAATCAGCCCGGTT > CP009273/4602158‑4602456 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |