Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 500,613 | G→T | 12.1% | G82C (GGT→TGT) | ushA → | bifunctional UDP‑sugar hydrolase/5'‑nucleotidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 500,613 | 0 | G | T | 12.1% | 871.3 / 62.6 | 248 | G82C (GGT→TGT) | ushA | bifunctional UDP‑sugar hydrolase/5'‑nucleotidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (109/109); new base T (17/13); total (126/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 |
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
CAAAATTACAGTTCTGCATACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGCCGAACCTGATTTTCGCGGTATGAATCTGGTGGGCTATGACGCGATGGCGATCGGTAATCATGAATTTGATAATCCGCTCACCGTATTACGCCAGCAGGAAAAG > CP009273/500465‑500762 | cAAAATTACAGTTCTGCATACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCgg > 1:2667332/1‑150 (MQ=255) aaaaTTACAGTTCTGCATACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGt < 1:709760/150‑1 (MQ=255) aaaTTACAGTTCTGCATACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTg > 1:209809/1‑150 (MQ=255) aTTACAGTTCTGCATACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGc < 2:1991590/150‑1 (MQ=255) aTTACAGTTCTGCATACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGc < 1:2692087/150‑1 (MQ=255) aTTACAGTTCTGCATACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGc < 2:4196127/150‑1 (MQ=255) aTTACAGTTCTGCATACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGc < 2:3471754/150‑1 (MQ=255) ttACAGTTCTGCATACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCg > 1:2171922/1‑150 (MQ=255) 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aTACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTg < 1:2617522/150‑1 (MQ=255) aTACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTg > 2:3538397/1‑150 (MQ=255) aTACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTg > 2:250152/1‑150 (MQ=255) aCCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGc > 1:3759746/1‑150 (MQ=255) cAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGt < 2:889350/150‑1 (MQ=255) 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aTTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTAc < 2:4243683/150‑1 (MQ=255) tttGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAgg > 1:3605666/1‑150 (MQ=255) ggCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGGTg > 1:1029490/1‑150 (MQ=255) gcgcAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGc < 1:2439532/150‑1 (MQ=255) cgcAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGcc < 2:3248451/150‑1 (MQ=255) 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ccGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGCCGAACCTGATTTTCGCGGTATGAATCTGGTGGGCTATGACGCGATGGCGATCGGTAATCATGAATTTGATAATCCGCTCACCGTATTACGCCAGCAGGaaa < 1:939773/150‑1 (MQ=255) ggTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGCCGAACCTGATTTTCGCGGTATGAATCTGGTGGGCTATGACGCGATGGCGATCGGTAATCATGAATTTGATAATCCGCTCACCGTATTACGCCAGCAGGAAAAg > 1:3742201/1‑150 (MQ=255) | CAAAATTACAGTTCTGCATACCAATGATCATCATGGGCATTTTTGGCGCAATGAATATGGCGAATATGGTCTGGCGGCGCAAAAAACGCTGGTGGATGGTATCCGCAAAGAGGTTGCGGCTGAAGGCGGTAGCGTGCTGCTACTTTCCGGTGGCGACATTAACACTGGCGTGCCCGAGTCTGACTTACAGGATGCCGAACCTGATTTTCGCGGTATGAATCTGGTGGGCTATGACGCGATGGCGATCGGTAATCATGAATTTGATAATCCGCTCACCGTATTACGCCAGCAGGAAAAG > CP009273/500465‑500762 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |