| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 512,167 | G→T | 40.4% | A43A (GCG→GCT) | fetB → | iron exporter permease subunit, ABC transporter FetAB; peroxide resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 512,167 | 0 | G | T | 40.4% | 321.6 / 243.6 | 242 | A43A (GCG→GCT) | fetB | iron exporter permease subunit, ABC transporter FetAB; peroxide resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/81); new base T (40/59); total (102/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
GAGAAATGCAGGAAGCACGCTATGAACTCGCATAATATTACTAACGAATCATTAGCACTGGCATTAATGCTGGTGGTGGTGGCAATCTTAATTAGCCATAAAGAAAAACTGGCGCTGGAGAAAGATATTCTCTGGAGCGTCGGGCGAGCGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGGATGATGCCAGCCTGACATTATTGATGGTGTTATTTATCTGCTTTAATGCGGCGTGGAACGCGCAAAAACGCAGTAAATATATTGCTAAAGCTTTTAT > CP009273/512018‑512316 | gagaAATGCAGGAAGCACGCTATGAACTCGCATAATATTACTAACGAATCATTAGCACTGGCATTAATGCTGGTGGTGGTGGCAATCTTAATTAGCCATAAAGAAAAACTGGCGCTGGAGAAAGATATTCTCTGGAGCGTCGGgcgagcg < 2:3683286/150‑1 (MQ=255) tGCAGGAAGCACGCTATGAACTCGCATAATATTACTAACGAATCATTAGCACTGGCATTAATGCTGGTGGTGGTGGCAATCTTAATTAGCCATAAAGAAAAACTGGCGCTGGAGAAAGATATTCTCTGGAGCGTCGGGCGAGCGATAAtt < 1:1097858/150‑1 (MQ=255) tGCAGGAAGCACGCTATGAACTCGCATAATATTACTAACGAATCATTAGCACTGGCATTAATGCTGGTGGTGGTGGCAATCTTAATTAGCCATAAAGAAAAACTGGCGCTGGAGAAAGATATTCTCTGGAGCGTCGGGCGAGCGATAAtt > 1:3762465/1‑150 (MQ=255) 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gagctaTAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGGATGATGCCAGCCTGACATTATTGATGGTGTTATTTATCTGCTTTAATGCGGCGTGGAACGCGCAAAAACGCAGTAAATATATTGCTAAAGCtt < 1:1703396/150‑1 (MQ=255) agcgaTAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGGATGATGCCAGCCTGACATTATTGATGGTGTTATTTATCTGCTTTAATGCGGCGTGGAACGCGCAAAAACGCAGTAAATATATTGCTAAAGCttt < 2:2093587/150‑1 (MQ=255) | GAGAAATGCAGGAAGCACGCTATGAACTCGCATAATATTACTAACGAATCATTAGCACTGGCATTAATGCTGGTGGTGGTGGCAATCTTAATTAGCCATAAAGAAAAACTGGCGCTGGAGAAAGATATTCTCTGGAGCGTCGGGCGAGCGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGGATGATGCCAGCCTGACATTATTGATGGTGTTATTTATCTGCTTTAATGCGGCGTGGAACGCGCAAAAACGCAGTAAATATATTGCTAAAGCTTTTAT > CP009273/512018‑512316 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |