| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 515,004 | G→T | 35.2% | S73* (TCG→TAG) | tesA ← | multifunctional acyl‑CoA thioesterase 1; protease I; lysophospholipase L1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 515,004 | 0 | G | T | 35.2% | 427.5 / 239.1 | 257 | S73* (TCG→TAG) | tesA | multifunctional acyl‑CoA thioesterase 1; protease I; lysophospholipase L1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (74/92); new base T (43/48); total (117/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
TTGACATCCTGCAAAATCTGGCGCAGCGTTTGCTCGGTTTGCTGTGGCTGAAAACCACGCAAACCGTCATTGCCGCCCAGTTCAACCAGCACCCAACGCGGCTGATGCTGTTTCAGCAGAGCCGGAAGGCGCGCCAGTCCTTGTTGCGAGGTGTCGCCGCTGATGCTGGCATTAACTACCGACGTTTTACTCTGCCACTTATCATTCAACAAGGCAGGCCAGGCCGCGCTGGCAGACATTCGATACCCGGCGCTCAGGCTATCACCCAGAATCAATAACGTGTCCGCTGCGGCGGCA > CP009273/514857‑515153 | ttGACATCCTGCAAAATCTGGCGCAGCGTTTGCTCGGTTTGCTGTGGCTGAAAACCACGCAAACCGTCATTGCCGCCCAGTTCAACCAGCACCCAACGCGGCTGATGCTGTTTCAGCAGAGCCGGAAGGCGCGCCAGTCCTTGTTGCGAg < 2:3526988/150‑1 (MQ=255)ttGACATCCTGCAAAATCTGGCGCAGCGTTTGCTCGGTTTGCTGTGGCTGAAAACCACGCAAACCGTCATTGCCGCCCAGTTCAACCAGCACCCAACGCGGCTGATGCTGTTTCAGCAGAGCCGGAAGGCGCGCCAGTCCTTGTTGCGAg > 2:1518306/1‑150 (MQ=255) tGACATCCTGCAAAATCTGGCGCAGCGTTTGCTCGGTTTGCTGTGGCTGAAAACCACGCAAACCGTCATTGCCGCCCAGTTCAACCAGCACCCAACGCGGCTGATGCTGTTTCAGCAGAGCCGGAAGGCGCGCCAGTCCTTGTTGCTAgg > 1:2648582/1‑150 (MQ=255) 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cGAGGTGTCGCCGCTGATGCTGGCATTAACTACCGACGTTTTACTCTGCCACTTATCATTCAACAAGGCAGGCCAGGCCGCGCTGGCAGACATTCGATACCCGGCGCTCAGGCTATCACCCAGAATCAATAACGTGTCCGCTGCggcggc > 2:2140981/1‑150 (MQ=255) gAGGTGTCGCCGCTGATGCTGGCATTAACTACCGACGTTTTACTCTGCCACTTATCATTCAACAAGGCAGGCCAGGCCGCGCTGGCAGACATTCGATACCCGGCGCTCAGGCTATCACCCAGAATCAATAACGTGTCCGCTGCGGCGGCa < 1:4137464/150‑1 (MQ=255) | TTGACATCCTGCAAAATCTGGCGCAGCGTTTGCTCGGTTTGCTGTGGCTGAAAACCACGCAAACCGTCATTGCCGCCCAGTTCAACCAGCACCCAACGCGGCTGATGCTGTTTCAGCAGAGCCGGAAGGCGCGCCAGTCCTTGTTGCGAGGTGTCGCCGCTGATGCTGGCATTAACTACCGACGTTTTACTCTGCCACTTATCATTCAACAAGGCAGGCCAGGCCGCGCTGGCAGACATTCGATACCCGGCGCTCAGGCTATCACCCAGAATCAATAACGTGTCCGCTGCGGCGGCA > CP009273/514857‑515153 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |