Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 557,592 | G→T | 89.2% | D814Y (GAC→TAC) | sfmD → | putative outer membrane export usher protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 557,592 | 0 | G | T | 89.2% | 604.3 / 73.8 | 229 | D814Y (GAC→TAC) | sfmD | putative outer membrane export usher protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/16); new base T (80/123); total (90/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
CCGACGCAAGGCGCGTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGAAGCAAAGCTTACAGCAAGCCGTCACTGTTATTTCGGCAGTTTGCACA > CP009273/557445‑557741 | cGACGCAAGGCGCGTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACg < 2:3196309/150‑1 (MQ=255) gACGCAAGGCGCGTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACgg < 2:2906311/150‑1 (MQ=255) aCGCAAGGCGCGTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACggg < 2:2240298/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |