| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 580,102 | G→T | 13.7% | intergenic (+216/+34) | appY → / ← ompT | global transcriptional activator; DLP12 prophage/DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 580,102 | 0 | G | T | 13.7% | 760.7 / 57.5 | 223 | intergenic (+216/+34) | appY/ompT | global transcriptional activator; DLP12 prophage/DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (93/98); new base T (12/20); total (105/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
CTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATGTGATTTAGTTAATAACCTTCTGGGTTTATTTTAAGGGTTAATTGTTACATTGAAATGGCTAGTTATTCCCCGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACC > CP009273/579955‑580249 | cTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATGTGATTTAGTTAATAACCTTCTGGGTTTATTTTAAGGGTTAATTGTTACATTGAAATGGCTAGTTATTCCCCGGGGCGAt > 2:4623960/1‑150 (MQ=255)cTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATGTGATTTAGTTAATAACCTTCTGGGTTTATTTTAAGGGTTAATTGTTACATTGAAATGGCTAGTTATTCCCCGGGGCGAt < 1:2174423/150‑1 (MQ=255) tGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATGTGATTTAGTTAATAACCTTCTGGGTTTATTTTAAGGGTTAATTGTTACATTGAAATGGCTAGTTATTCCCCGGGGCTAtt < 1:1813879/150‑1 (MQ=255) 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cTAGTTATTCCCCGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCAt > 1:1096386/1‑150 (MQ=255) aGTTATTCCCCGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATaa > 2:4142640/1‑150 (MQ=255) aGTTATTCCCCGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATaa > 1:4245918/1‑150 (MQ=255) gTTATTCCCCGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATaaa > 1:4344846/1‑150 (MQ=255) ttATTCCCCGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAg < 1:3712152/150‑1 (MQ=255) 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ggCTATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTAc > 2:3851360/1‑150 (MQ=255) gCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTAcc < 1:2237260/150‑1 (MQ=255) | CTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATGTGATTTAGTTAATAACCTTCTGGGTTTATTTTAAGGGTTAATTGTTACATTGAAATGGCTAGTTATTCCCCGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACC > CP009273/579955‑580249 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |