| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 581,203 | A→T | 94.6% | intergenic (‑114/‑310) | ompT ← / → pauD | DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b)/tRNA‑OTHER |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 581,203 | 0 | A | T | 94.6% | 953.1 / 30.6 | 287 | intergenic (‑114/‑310) | ompT/pauD | DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b)/tRNA‑OTHER |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/8); new base T (135/136); total (143/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
TGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTG‑TTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGG > CP009273/581057‑581349 | tGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTTTca > 2:2090989/1‑150 (MQ=255) tCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTTTcaca < 2:4479743/150‑1 (MQ=255) cAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACGGTTTATATGTGGTTTAGTATTGAATGATTATCACaa > 1:1190007/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |