Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 613,755 | G→T | 32.0% | D16Y (GAT→TAT) | fepE → | regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 613,755 | 0 | G | T | 32.0% | 437.5 / 191.4 | 227 | D16Y (GAT→TAT) | fepE | regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (67/87); new base T (40/33); total (107/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
GGAAGGAATTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGG > CP009273/613608‑613904 | ggaaggaaTTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGACTATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCTAt > 2:4220799/1‑150 (MQ=255) ggaaggaaTTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCTAt > 1:2755092/1‑150 (MQ=255) gaaggaaTTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCTAtt > 1:2896302/1‑150 (MQ=255) 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tcTGGTATAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATAACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCTATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACt < 2:924344/149‑1 (MQ=255) aCTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCTATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACt < 2:730075/150‑1 (MQ=255) aCTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATGTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACt < 2:2947944/150‑1 (MQ=255) cttttAAAGTGAGCGCCGTGGAGTTTTCCCACTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTACACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACtt < 1:4494242/146‑1 (MQ=255) cTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACtt < 1:2845590/150‑1 (MQ=255) ggTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTtaa > 1:3869193/1‑150 (MQ=255) ggTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTtaa < 2:782921/150‑1 (MQ=255) ggTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTtaa < 2:1977483/150‑1 (MQ=255) gTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCTATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTtaat < 2:4400196/150‑1 (MQ=255) tAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCTATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTtaatc > 1:2022387/1‑150 (MQ=255) 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ccGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAAt > 2:3744008/1‑150 (MQ=255) cGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTGTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATg > 2:1737966/1‑150 (MQ=255) | GGAAGGAATTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGG > CP009273/613608‑613904 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |