| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 667,397 | G→T | 18.4% | I82I (ATC→ATA) | lptE ← | LPS assembly OM complex LptDE, lipoprotein component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 667,397 | 0 | G | T | 18.4% | 808.7 / 113.7 | 269 | I82I (ATC→ATA) | lptE | LPS assembly OM complex LptDE, lipoprotein component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (113/106); new base T (28/22); total (141/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
ATTTGCGGGTTATCGAAGAACGAACGGAAGACTTTGGCGCTAATCGGGTAGATATCACGGCCGGGGATCAACACGGTCGCATTAACCGTCATGATCATCTGATACTCTGCTGTTTGACCGTTACGGAATACCGATGCGGTATCTTTCGCGATGCTCACTTTACCCAAACGCAAGGATGGAACGTCCTTACGCGTGGTTTCTTTATCAAGCAACTCGACACCATTCAGACGTAACTGGTTACGCACCGCACGGCTTAATGGCCCGTTCGGATCGCCTGAGTCCAGGATCATGACCTTCA > CP009273/667248‑667545 | aTTTGCGGGTTATCGAAGAACGAACGGAAGACTTTGGCGCTAATCGGGTAGATATCACGGCCGGGGATCAACACGGTCGCATTAACCGTCATGATCATCTTATACTCTGCTGTTTGACCGTTACGGAATACCGATGCGGTATCTTTcgcg < 2:750970/150‑1 (MQ=255) cGGGTTATCGAAGAACGAACGGAAGACTTTGGCGCTAATCGGGTAGATATCACGGCCGGGGATCAACACGGTCGCATTAACCGTCATGATCATCTTATACTCTGCTGTTTGACCGTTACGGAATACCGATGCGGTATCTTTCGCGATGCt < 2:3524191/150‑1 (MQ=255) cGGGTTATCGAAGAACGAACGGAAGACTTTGGCGCTAATCGGGTAGATATCACGGCCGGGGATCAACACGGTCGCATTAACCGTCATGATCATCTTATACTCTGCTGTTTGACCGTTACGGAATACCGATGCGGTATCTTTCGCGATGCt > 2:649329/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |