| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 76,821 | G→T | 70.1% | G177G (GGC→GGA) | leuC ← | 3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 76,821 | 0 | G | T | 70.1% | 287.9 / 274.1 | 254 | G177G (GGC→GGA) | leuC | 3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/37); new base T (102/76); total (141/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
CATTTCGATTGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGCCCTGTTTCAGGGTTTGCGTTGCCAGTACGTGTTCAACTTCGGAAGTGCCGATACCAAAGGCCAGTGCGCCAAACGCGCCGTGGGTGGCGGTATGCGAGTC > CP009273/76674‑76970 | gATTGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGgcgc > 1:1668358/1‑150 (MQ=255) aTTGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGcgcg > 1:4517926/1‑150 (MQ=255) aTTGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGcgcg < 2:3806647/150‑1 (MQ=255) aTTGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGcgcg > 2:2339665/1‑150 (MQ=255) aTTGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGcgcg > 1:194557/1‑150 (MQ=255) aTTGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAAGTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGcgcg < 2:2939855/150‑1 (MQ=255) gCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGCGCGGCt < 2:3207910/150‑1 (MQ=255) ccATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCtt < 1:1170525/150‑1 (MQ=255) ccATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCtt > 2:1725184/1‑150 (MQ=255) ccATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGCGCGGCtt < 2:3635272/150‑1 (MQ=255) atatTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTg > 2:2109368/1‑150 (MQ=255) atatTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGCGCGGCTTTg > 1:3250837/1‑150 (MQ=255) gCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGCGCGGCTTTGCCCTg < 2:3264244/150‑1 (MQ=255) cacaGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTgg < 2:2749997/150‑1 (MQ=255) cacaGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTgg < 2:2577/150‑1 (MQ=255) acaGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGa > 2:2880036/1‑150 (MQ=255) caGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGAc < 2:4635950/150‑1 (MQ=255) aGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACt > 2:4558794/1‑150 (MQ=255) 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cATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGtttt > 1:2869179/1‑150 (MQ=255) aTGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGttttt < 2:710445/150‑1 (MQ=255) tAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGcgcg > 2:3007076/1‑150 (MQ=255) aaTCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGc < 2:3133766/150‑1 (MQ=255) aTCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGcc < 2:1492315/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |