| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 725,650 | G→T | 7.7% | P204P (CCG→CCT) | rhsC → | Rhs family putative polymorphic toxin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 725,650 | 0 | G | T | 7.7% | 731.4 / 30.7 | 227 | P204P (CCG→CCT) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (100/109); new base T (11/7); total (111/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
CTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTCCGGCTGGTACTGACCACGCAGGCGCA > CP009273/725501‑725799 | cTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTgccg > 2:2781642/1‑150 (MQ=32) tGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTgccgc > 1:1399911/1‑150 (MQ=32) gCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGccgccg > 1:2788837/1‑150 (MQ=32) ccGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGt < 2:319388/150‑1 (MQ=32) gCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTAc < 1:2226626/150‑1 (MQ=32) cACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTAcc > 1:1139738/1‑150 (MQ=32) cACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTAcc > 1:1958906/1‑150 (MQ=32) ctctGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCgg < 1:4016390/150‑1 (MQ=32) ctGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGt < 2:3924472/150‑1 (MQ=32) tGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCTCCGTACCGGGTa < 1:3865934/150‑1 (MQ=17) ggCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTAc < 1:3011767/150‑1 (MQ=32) gCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAACCAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACt < 1:1061333/150‑1 (MQ=17) gCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACt < 1:4356893/150‑1 (MQ=32) 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cTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCggg < 2:608837/150‑1 (MQ=32) cGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCtgg > 1:1237030/1‑150 (MQ=32) gaagaaCTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCTCCGTACCGGGTACTGACCGGGCtggtg < 2:1848017/150‑1 (MQ=17) gaagaaCTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCtggtg < 1:2365505/150‑1 (MQ=32) gaagaaCTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCtggtg < 2:3537721/150‑1 (MQ=32) aagaaCTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCTCCGTACCGGGTACTGACCGGGCtggtgg > 2:3623478/1‑150 (MQ=17) aagaaCTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCtggtgg < 1:3479280/150‑1 (MQ=32) aagaaCTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCtggtgg < 1:1692331/150‑1 (MQ=32) aaCTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGAcc > 1:143930/1‑150 (MQ=32) aaCTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCACAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGAcc > 2:1640675/1‑150 (MQ=17) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |