| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 733,541 | G→A | 14.9% | intergenic (+124/‑7) | ybfL → / → ybfD | pseudogene, DDE domain transposase family;putative factor; Not classified; putative receptor protein/H repeat‑associated putative transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 733,541 | 0 | G | A | 14.9% | 684.0 / 92.3 | 248 | intergenic (+124/‑7) | ybfL/ybfD | pseudogene, DDE domain transposase family;putative factor; Not classified; putative receptor protein/H repeat‑associated putative transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (113/98); new base A (17/20); total (130/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
CCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAATCTTTCCCTGCTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTTCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGA > CP009273/733393‑733690 | tGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAATCTTTCCCTGCTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTTCTTACATAATTAAGGAAAACa < 1:2254940/150‑1 (MQ=255) gCGGGGAGCGGGCTTTCGTAATCTTTCCCTGCTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTTCTTACATAATTAAGGAGAACaa > 1:3880047/1‑150 (MQ=255) ggggAGCGGGCTTTCGTAATCTTTCCCTGCTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTTCTTACATAATTAATGAGAACaaaa < 1:397889/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |