Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 761,420 | 0 | C | T | 14.4% | 677.3 / 83.7 | 236 | intergenic (‑89/‑20) | mngR/mngA | Transcriptional repressor for the mannosyl‑D‑glycerate catabolic operon/fused 2‑O‑a‑mannosyl‑D‑glycerate specific PTS enzymes: IIA component/IIB component/IIC component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (113/89); new base T (22/12); total (135/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.57e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.54e-01 |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
CGCGCAATTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCTGACGACTCTGACCCACCGCGATGCGTTGTGTCTGAATGCGCGCTTTACCAGCCGTGAAGAG > CP009273/761273‑761568 | cgcgCAATTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTtcaatcaa < 1:2733772/150‑1 (MQ=255) cgcgCAATTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTtcaatcaa < 1:3434493/150‑1 (MQ=255) aTTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGaaa > 2:894708/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |