| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 86,729 | G→T | 17.8% | R50L (CGT→CTT) | rsmH → | 16S rRNA m(4)C1402 methyltransferase, SAM‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 86,729 | 0 | G | T | 17.8% | 887.3 / 115.3 | 289 | R50L (CGT→CTT) | rsmH | 16S rRNA m(4)C1402 methyltransferase, SAM‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (121/116); new base T (23/29); total (144/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
AATGATGGAAAACTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGACGGCATTCTCC > CP009273/86580‑86878 | gatgGAAAACTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGttt < 1:2923666/150‑1 (MQ=255) tgGAAAACTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGc > 2:159698/1‑150 (MQ=255) ggAAAACTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCTTTTGCt < 2:1407779/150‑1 (MQ=255) aaaaCTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGACGAGGGGCGTTTGCTgg > 2:4509946/1‑150 (MQ=255) aaaaCTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCTTTTGCTgg > 1:1500765/1‑150 (MQ=255) aaaCTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGc < 1:1684910/150‑1 (MQ=255) tataAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGcgatc < 2:4247941/150‑1 (MQ=255) tataAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGcgatc < 1:4499968/150‑1 (MQ=255) 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aaaCATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGcgatcgat > 1:3072500/1‑150 (MQ=255) aaCATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCgatcgatc > 1:3518196/1‑150 (MQ=255) aTACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATcgcg > 2:1778474/1‑150 (MQ=255) aTACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATcgcg > 2:3240360/1‑150 (MQ=255) aTACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATcgcg > 1:3580248/1‑150 (MQ=255) 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tcGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCTTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCAGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGACGAGCGCGATCTTATc > 2:3932296/1‑150 (MQ=255) cGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCg < 1:3240095/150‑1 (MQ=255) aGCTTGGCGAAGAGGGGCTTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCa > 1:2265840/1‑150 (MQ=255) aGCTTGGCGAAGAGGGGCTTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCa > 2:3453416/1‑150 (MQ=255) aGCTTGGCGAAGAGGGGCTTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCa > 2:3442719/1‑150 (MQ=255) aGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCa > 1:1313360/1‑150 (MQ=255) gAAGAGGGGCTTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGAc < 2:1096440/150‑1 (MQ=255) gAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGAc < 1:3626723/150‑1 (MQ=255) aaGAGGGGCTTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGACg < 1:3944090/150‑1 (MQ=255) aaGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGACg > 1:4244867/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |