| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 92,294 | C→A | 5.7% | R386R (CGC→CGA) | murF → | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide:D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 92,294 | 0 | C | A | 5.7% | 1152.4 / 28.3 | 298 | R386R (CGC→CGA) | murF | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide:D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (122/159); new base A (4/13); total (126/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
TCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAGCGGCGTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTA > CP009273/92146‑92442 | tCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACcgcg > 2:1948685/1‑150 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCgtg > 1:369482/1‑150 (MQ=255) cAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTaa < 1:49848/150‑1 (MQ=255) aaTGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAg > 1:3853284/1‑150 (MQ=255) aTGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGc < 1:1649102/150‑1 (MQ=255) gACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGt < 2:4451523/150‑1 (MQ=255) cagcagTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTGAGCGTGGGTa < 2:3975485/150‑1 (MQ=255) cagcagTCCAGGGACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTa < 2:825182/150‑1 (MQ=255) cagTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAAc < 1:1999293/150‑1 (MQ=255) agTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACa > 1:1530400/1‑150 (MQ=255) gTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACaa < 2:3832140/150‑1 (MQ=255) aGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGcc < 1:1042208/150‑1 (MQ=255) aGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGcc > 2:2158190/1‑150 (MQ=255) aGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGAGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGcc > 2:3725467/1‑150 (MQ=255) tACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATg > 2:2862315/1‑150 (MQ=255) tACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATg < 1:2453108/150‑1 (MQ=255) cTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCt < 1:3501704/150‑1 (MQ=255) ggCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTAt > 1:735139/1‑150 (MQ=255) tGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAg < 2:2779277/150‑1 (MQ=255) tGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAg < 1:4128628/150‑1 (MQ=255) tGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAg < 2:4002394/150‑1 (MQ=255) aaaTGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCa > 2:3263202/1‑150 (MQ=255) aTGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCAcc > 2:2027527/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |