| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,037,576 | G→T | 16.9% | G697G (GGC→GGA) | etk ← | tyrosine‑protein kinase, role in O‑antigen capsule formation |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,037,576 | 0 | G | T | 16.9% | 929.9 / 116.1 | 298 | G697G (GGC→GGA) | etk | tyrosine‑protein kinase, role in O‑antigen capsule formation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (139/108); new base T (24/27); total (163/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
GAACTGTCTAATGCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCGCCAGCATCGGCGGCGT > CP009273/1037427‑1037725 | aaCTGTCTAATGCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTGTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAgcgc > 1:39039/1‑150 (MQ=255) aCTGTCTAATGCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGcc > 1:897924/1‑150 (MQ=255) tGTCTAATGCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCtt < 2:480830/150‑1 (MQ=255) 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tGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACcg > 2:4271926/1‑150 (MQ=255) cgcgTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCCAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCgg > 1:1749703/1‑150 (MQ=255) cgcgTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCgg > 1:3236221/1‑150 (MQ=255) gTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCAt > 2:2216981/1‑150 (MQ=255) tttAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCAtc > 2:1267465/1‑150 (MQ=255) aaTCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCAtcact > 1:2196157/1‑150 (MQ=255) aTCACACCATTGAGGATAGCTCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCAtcactc > 2:2840044/1‑150 (MQ=255) acCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCGc > 2:1507436/1‑150 (MQ=255) gAGGATATCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCATTGACGGAGTTCAATCCCAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCAAACAGAACGACCCACGAACGCGGCATCACTCACCGCCAGCAt > 2:43404/1‑150 (MQ=255) gAGGATAGCTCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCGCCAGCAt > 2:505177/1‑150 (MQ=255) 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gcCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCGCCAGCATCGGCGGCGt > 1:1892687/1‑150 (MQ=255) gcCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCGCCAGCATCGGCGGCGt < 1:4409977/150‑1 (MQ=255) | GAACTGTCTAATGCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCGCCAGCATCGGCGGCGT > CP009273/1037427‑1037725 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |