| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,087,360 | G→T | 13.5% | P129Q (CCG→CAG) | pgaA ← | biofilm adhesin polysaccharide PGA secretin; OM porin; poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,087,360 | 0 | G | T | 13.5% | 829.8 / 70.5 | 244 | P129Q (CCG→CAG) | pgaA | biofilm adhesin polysaccharide PGA secretin; OM porin; poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (120/91); new base T (11/22); total (131/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.44e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
CCGCCAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTTGC > CP009273/1087211‑1087509 | gCCAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTtgctgc > 2:1381800/1‑150 (MQ=255) ccAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCt > 1:124356/1‑150 (MQ=255) ccAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCt > 1:3882474/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |