Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,099,378 | A→C | 61.8% | intergenic (‑726/‑29) | csgD ← / → csgB | csgBAC operon transcriptional regulator/curlin nucleator protein, minor subunit in curli complex |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,099,378 | 0 | A | C | 61.8% | 325.6 / 243.1 | 230 | intergenic (‑726/‑29) | csgD/csgB | csgBAC operon transcriptional regulator/curlin nucleator protein, minor subunit in curli complex |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/53); new base C (65/77); total (99/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
TTTAATACTTTGGTATGAACTAAAAAAGAAAAATACAACGCGCGGGTGAGTTATTAAAAATATTTCCGCAGACATACTTTCCATCGTAACGCAGCGTTAACAAAATACAGGTTGCGTTAACAACCAAGTTGAAATGATTTAATTTCTTAAATGTACGACCAGGTCCAGGGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGT > CP009273/1099230‑1099527 | attAATTCTTTGGTATGAACTAAATAAGAAAAATACAACGCGCGGGTGTGTTATTAAAAATATTTCCGCAGACATACTTTCCATCGTAACTCAGCGTTAACAAAATACAGGTTGCGTTAACAACCAAGTTGAAATGATTTAATTTCTTaa < 1:990537/149‑1 (MQ=255) aTACTTTGGTATGAACTAAAAAAGAAAAATACAACGCGCGGGTGATTTATTAAAAATATTTCCGCAGACATACTTTCCATCGTTACGCAGCGTTAACAAAATACAGGTTGCGTTAACAACCAAGTTGAAATGATTTAATTTCTTCAATGt < 2:3947326/150‑1 (MQ=255) aTACTTTGGTATGAACTAAAAAAGAAAAATACAACGCGCGGGTGAGTTATTAAAAATATTTCCGCAGACATACTTTCCATCGTAACGCAGCGTTAACAAAATACAGGTTGCGTTAACAACCAAGTTGAAATGATTTAATTTCTTCAATGt < 2:2058040/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |