| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,105,607 | G→T | 10.3% | D273Y (GAC→TAC) | opgG → | osmoregulated periplasmic glucan (OPG) biosynthesis periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,105,607 | 0 | G | T | 10.3% | 954.0 / 51.8 | 257 | D273Y (GAC→TAC) | opgG | osmoregulated periplasmic glucan (OPG) biosynthesis periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (112/118); new base T (19/8); total (131/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.14e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
TGCCAGGGCGTGACACGGTTGTGGATGTGCAGTCGAAAATCTATCTGCGCGATAAAGTCGGCAAACTGGGGGTTGCACCGTTAACCAGTATGTTCCTGTTTGGGCCGAACCAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTGGTCTGTTGCAGCGCGGTCGTGATTTCTCCCGCT > CP009273/1105458‑1105754 | ccAGGGCGTGACACGGTTGTGGATGTGCAGTCGAAAATCTATCTGCGCGATAAAGTCGGCAAACTGGGGGTTGCACCGTTAACCAGTATGTTCCTGTTTGGGCCGAACCAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGAc > 2:4143592/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCGTGACACGGTTGTGGATGTGCAGTCGAAAATCTATCTGCGCGATAAAGTCGGCAAACTGGGGGTTGCACCGTTAACCAGTATGTTCCTGTTTGGGCCGAACCAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGAc > 1:4370966/1‑150 (MQ=255) cAGGGCGTGACACGGTTGTGGATGTGCAGTCGAAAATCTATCTGCGCGATAAAGTCGGCAAACTGGGGGTTGCACCGTTAACCAGTATGTTCCTGTTTGGGCCGAACCAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGAct < 1:3041816/150‑1 (MQ=255) 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ccGGAGTTGCACTACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTGGTCTGTTGCAGCGCGGTCGTGAt > 2:3660487/1‑150 (MQ=255) ccGGAGTTGCACTACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTGGTCTGTTGCAGAGCGGTCGTGAt > 2:391395/1‑150 (MQ=255) gAGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTGGTCTGTTGCAGCGCGGTCGTGATTtc < 2:1651486/150‑1 (MQ=255) aGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTGGTCTGTTGCAGCGCGGTCGTGATTtct < 2:3125838/150‑1 (MQ=255) aGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTGGTCTGTTGCAGCGCGGTCGTGATTtct > 1:1100143/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |