| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,225,922 | C→T | 17.8% | intergenic (‑72/‑301) | hlyE ← / → umuD | hemolysin E/DNA polymerase V, subunit D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,225,922 | 0 | C | T | 17.8% | 765.9 / 133.2 | 287 | intergenic (‑72/‑301) | hlyE/umuD | hemolysin E/DNA polymerase V, subunit D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (92/144); new base T (32/19); total (124/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.82e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
AAGATCTAATGCTCCATCTGCGGTTTCGATTGCGTTTTTAACTACTTCTACCGTTTTATCTGCAACGATTTCAGTCATAATCATTCGCCTCTTTAAATATATAAATTGTAATGAAACTCCTGTTTTACAACTATTAATAAATTTTACTTCATCTAATTCATAGTTAGCCGGGCGGGATGCGTCAATGTCTTTATTTCTATTAATATGATAAATATCAAACAATGTTTAATGTCATTATGGCGAATGCTTCTATTCTATTTTTTAGCCGGGTGATATTTTTCATTTCTGCTGGATGAGCG > CP009273/1225773‑1226071 | gATCTAATGCTCCATCTGCGGTTTCGATTGCGTTTTTAACTACTTCTACCGTTTTATCTGCAACGATTTCAGTCATAATCATTCGCCTCTTTAAATATATAAATTGTAATGAAACTCCTGTTTTACAACTATTAATAAATTTTACTTTAt > 2:3591084/1‑150 (MQ=255) gATCTAATGCTCCATCTGCGGTTTCGATTGCGTTTTTAACTACTTCTACCGTTTTATCTGCAACGATTTCAGTCATAATCATTCGCCTCTTTAAATATATAAATTGTAATGAAACTCCTGTTTTACAACTATTAATAAATTTTACTTTAt > 2:3380693/1‑150 (MQ=255) gATCTAATGCTCCATCTGCGGTTTCGATTGCGTTTTTAACTACTTCTACCGTTTTATCTGCAACGATTTCAGTCATAATCATTCGCCTCTTTAAATATATAAATTGTAATGAAACTCCTGTTTTACAACTATTAATAAATTTTACTTCAt < 2:4027104/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |