| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 118,526 | 0 | C | T | 10.3% | 852.7 / 61.3 | 262 | intergenic (‑488/‑53) | aroP/pdhR | aromatic amino acid transporter/pyruvate dehydrogenase complex repressor; autorepressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (136/99); new base T (20/7); total (156/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
CTCCTTTCCTACGTAAAGTCTACATTTGTGCATAGTTACAACTTTGAAACGTTATATATGTCAAGTTGTTAAAATGTGCACAGTTTCATGATTTCAATCAAAACCTGTATGGACATAAGGTGAATACTTTGTTACTTTAGCGTCACAGACATGAAATTGGTAAGACCAATTGACTTCGGCAAGTGGCTTAAGACAGGAACTCATGGCCTACAGCAAAATCCGCCAACCAAAACTCTCCGATGTGATTGAGCAGCAACTGGAGTTTTTGATCCTCGAAGGCACTCTCCGCCCGGGCGAAA > CP009273/118377‑118675 | cTCCTTTCCTACGTAAAGTCTACATTTGTGCATAGTTACAACTTTGAAACGTTATATATGTCAAGTTGTTAAAATGTGCACAGTTTCATGATTTCAATCAAAACCTGTATGGACATAAGGTGAATACTTTGTTACTTTAGCGTCACAGAc < 1:741315/150‑1 (MQ=255) ccTTTCCTACGTAAAGTCTACATTTTTGAATAGTTACAACTTTGAAACGTTATATATGTCAAGTTGTTAAAATGTGCAAATTTTCATGATTTCAATCAAAACCTGTATTGACATAAGGTGAATACTTTGTTACTTTAGCGTCACAGACAt > 2:1881680/1‑150 (MQ=255) ccTTTCCTACGTAAAGTCTACATTTGTGCATAGTTACAACTTTGAAACGTTATATATGTCAAGTTGTTAAAATGTGCACAGTTTCATGATTTCAATCAAAACCTGTATGGACATAAGGTGAATACTTTGTTACTTTAGCGTCACAGACAt > 1:4217467/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |