| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,543,054 | G→T | 36.3% | G466V (GGT→GTT) | fdnG → | formate dehydrogenase‑N, alpha subunit, nitrate‑inducible |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,543,054 | 0 | G | T | 36.3% | 485.6 / inf | 319 | G466V (GGT→GTT) | fdnG | formate dehydrogenase‑N, alpha subunit, nitrate‑inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (96/107); new base T (54/62); total (150/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
TGTGGGTGCGCAGAACATCCGTACTATGGCGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTGCAGTCGTATCTGGAAGCGAACACGCCGAAAGCGACGCTGGCTGATCAGGTGAACTACTGGAGCAACTATCCGAAGTTCTTCGTTAGCCTGATGAAATCTTTCTATGGCGATG > CP009273/1542905‑1543203 | gtgGGTGCGCAGAACATCCGTACTATGGCGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGt < 1:1226548/150‑1 (MQ=255) ggTGCGCAGAACATCCGTACTATGGCGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGTTTAt > 2:4445945/1‑150 (MQ=255) tGCGCAGAACATCCGTACTATGGCGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCt > 2:479649/1‑150 (MQ=255) gcAGAACATCCGTACTATGGCGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGTTTATCTGAc < 2:1565139/150‑1 (MQ=255) cAGAACATCCGTACTATGGCGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGTTTATCTGACg > 1:4444533/1‑150 (MQ=255) aCATCCGTACTATGGCGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGTTTATCTGACGCTGc > 1:60119/1‑150 (MQ=255) cATCCGTACTATGGCGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGcc < 2:755206/150‑1 (MQ=255) cATCCGTACTATGGCGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGcc < 2:3160682/150‑1 (MQ=255) aTCCGTACTATGGCGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCg > 1:672982/1‑150 (MQ=255) ccGTACTATGGCGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTc > 2:669654/1‑150 (MQ=255) cGTACTATGGCGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCa < 1:3954923/150‑1 (MQ=255) gTACTATGGCGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAg < 2:702685/150‑1 (MQ=255) tACTATGGCGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGa < 2:525220/150‑1 (MQ=255) ctaagtcGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTATACCATCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGaaa > 2:1644310/7‑150 (MQ=255) tATGGCGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGaaaa > 2:1009450/1‑150 (MQ=255) ggCGATGCTCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACa < 2:1741632/150‑1 (MQ=255) ggCGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACa < 1:1888769/150‑1 (MQ=255) ggCGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACa < 1:250084/150‑1 (MQ=255) 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tCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGAtt > 2:1991959/1‑150 (MQ=255) ccAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGTTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGAttt < 1:2778691/150‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGTTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGAttt < 2:2149343/150‑1 (MQ=255) cAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTg < 2:4564898/150‑1 (MQ=255) cAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTg < 1:2663013/150‑1 (MQ=255) ttGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGTTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTGCAg < 1:2692082/150‑1 (MQ=255) ttGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGTTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTGCAg < 1:1728883/150‑1 (MQ=255) tgctgcTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTGCAGt < 2:1106109/150‑1 (MQ=255) tgctgcTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTGCAGt > 2:3345573/1‑150 (MQ=255) tgctCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTGCAGTCGt < 1:2331355/150‑1 (MQ=255) 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ctctctACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTGCAGTCGTATCTGGAAGCGAACACGCCGAAAGCGACGCTGGCTGATCAGGTGAACTACTGGAGCAACTATCCGAAGTTCTTCGTTAGCCtgatg < 1:3174382/150‑1 (MQ=255) tctctACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGTTTTGCAGTCGTATCTGGAAGCGAACACGCCGAAAGCGACGCTGGCTGATCAGGTGAACTACTGGAGCAACTATCCGAAGTTCTTCGTTAGCCtgatga < 1:2353946/150‑1 (MQ=255) ctctACCAGCCTGCCAGTTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTGCAGTCGTATCTGGAAGCGAACACGCCGAAAGCGACGCTGGCTGATCAGGTGAACTACTGGAGCAACTATCCGAAGTTCTTCGTTAGCCTGATGaa > 1:3857713/1‑150 (MQ=255) tctACCAGCCTGCCAGTTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTGCAGTCGTATCTGGAAGCGAACACGCCGAAAGCGACGCTGGCTGATCAGGTGAACTACTGGAGCAACTATCCGAAGTTCTTCGTTAGCCTGATGaaa < 1:1325580/150‑1 (MQ=255) tctACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTGCAGTCGTATCTGGAAGCGAACACGCCGAAAGCGACGCTGGCTGATCAGGTGAACTACTGGAGCAACTATCCGAAGTTCTTCGTTAGCCTGATGaaa < 1:4393466/150‑1 (MQ=255) tctACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTGCAGTCGTATCTGGAAGCGAACACGCCGAAAGCGACGCTGGCTGATCAGGTGAACTACTGGAGCAACTATCCGAAGTTCTTCGTTAGCCTGATGaaa > 1:2026946/1‑150 (MQ=255) tctACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTGCAGTCGTATCTGGAAGCGAACACGCCGAAAGCGACGCTGGCTGATCAGGTGAACTACTGGAGCAACTATCCGAAGTTCTTCGTTAGCCTGATGaaa > 2:540448/1‑150 (MQ=255) ccAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTGCAGTCGTATCTGGAAGCGAACACGCCGAAAGCGACGCTGGCTGATCAGGTGAACTACTGGAGCAACTATCCGAAGTTCTTCGTTAGCCTGATGAAATCtt < 1:200334/150‑1 (MQ=255) aGCCTGCCAGTTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTGCAGTCGTATCTGGAAGCGAACACGCCGAAAGCGACGCTGGCTGATCAGGTGAACTACTGGAGCAACTATCCGAAGTTCTTCGTTAGCCTGATGAAATCTTTc > 1:476819/1‑150 (MQ=255) gCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTGCAGTCGTATCTGGAAGCGAACACGCCGAAAGCGACGCTGGCTGATCAGGTGAACTACTGGAGCAACTATCCGAAGTTCTTCGTTAGCCTGATGAAATCTTTCt > 1:1576432/1‑150 (MQ=255) 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aGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTGCAGTCGTATCTGGAAGCGAACACGCCGAAAGCGACGCTGGCTGATCAGGTGAACTACTGGAGCAACTATCCGAAGTTCTTCGTTAGCCTGATGAAATCTTTCTATGGCGa < 2:419490/150‑1 (MQ=255) gTTATCTGACGCTGCCGTCATAAAAACTGGTTGATTTGCAGTCGTATCTGGAAGCGAACACGCCGAAAGCGACGCTGGCTGATCAGGTGAACTACTGGAGCAACTATCCGAAGTTCTTCGTTAGCCTGATGAAATCTTTCTATGGCGATg < 1:88423/150‑1 (MQ=255) | TGTGGGTGCGCAGAACATCCGTACTATGGCGATGATCCAGTTGCTGCTCGGTAACATGGGTATGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCATTGCGTGGTCACTCCAACATTCAGGGCTTGACTGACTTAGGCCTGCTCTCTACCAGCCTGCCAGGTTATCTGACGCTGCCGTCAGAAAAACAGGTTGATTTGCAGTCGTATCTGGAAGCGAACACGCCGAAAGCGACGCTGGCTGATCAGGTGAACTACTGGAGCAACTATCCGAAGTTCTTCGTTAGCCTGATGAAATCTTTCTATGGCGATG > CP009273/1542905‑1543203 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |