Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,566,392 | A→T | 6.6% | intergenic (‑90/+272) | gadB ← / ← pqqL | glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent/putative periplasmic M16 family zinc metalloendopeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,566,392 | 0 | A | T | 6.6% | 751.4 / 33.1 | 226 | intergenic (‑90/+272) | gadB/pqqL | glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent/putative periplasmic M16 family zinc metalloendopeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (117/94); new base T (2/13); total (119/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
GCACCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATCACGTAAAAA > CP009273/1566244‑1566541 | cACCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACaaa > 1:2481966/1‑150 (MQ=255) aCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACaaaa > 1:398600/1‑150 (MQ=255) aCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACaaaa < 2:2534072/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |