| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,597,517 | T→G | 15.7% | L81* (TTA→TGA) | lsrC → | autoinducer 2 import system permease protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,597,517 | 0 | T | G | 15.7% | 691.5 / 157.9 | 306 | L81* (TTA→TGA) | lsrC | autoinducer 2 import system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (124/134); new base G (20/28); total (144/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
TTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCA > CP009273/1597368‑1597666 | gtgtGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGa < 1:1771504/150‑1 (MQ=255) tgCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACg < 2:1029905/150‑1 (MQ=255) tgCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACg < 1:2328845/150‑1 (MQ=255) 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tgCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGc < 2:4153722/150‑1 (MQ=255) gcgcGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCa > 2:3179734/1‑150 (MQ=255) gcgcGGTGCTGTTGGGGATGTGACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCa < 2:3750210/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGtt < 1:2859018/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGATAAAGATCCCTGCCATTGTTTCCACCCTTGGCACGtt > 2:4131417/1‑150 (MQ=255) gTGCTGTTGGGGATGTGACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTa > 2:2014700/1‑150 (MQ=255) tGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAg > 2:1120103/1‑150 (MQ=255) gCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAgg < 2:1805699/150‑1 (MQ=255) gCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAgg < 1:4145766/150‑1 (MQ=255) gCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAgg < 2:626556/150‑1 (MQ=255) cTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAggg > 1:78479/1‑150 (MQ=255) gTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGtt < 1:362107/150‑1 (MQ=255) ggggATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTa > 2:3797753/1‑150 (MQ=255) gggATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTAc < 1:20795/150‑1 (MQ=255) ggATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACa < 2:3398936/150‑1 (MQ=255) ggATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACa < 2:4518351/150‑1 (MQ=255) tGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACagag < 1:3837856/150‑1 (MQ=255) | TTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCA > CP009273/1597368‑1597666 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |