| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,621,470 | G→A | 16.3% | N56N (AAC→AAT) | dcp ← | dipeptidyl carboxypeptidase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,621,470 | 0 | G | A | 16.3% | 737.6 / 107.6 | 264 | N56N (AAC→AAT) | dcp | dipeptidyl carboxypeptidase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (114/106); new base A (29/14); total (144/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
ATATCATTAGCCAGTTCCGCCAGTTCAGCGGAAAACTGCTCGTCAAGACGCTGTAATTCATCATTGGTATGCGCCGCAGTCATCGCAAAAAAGACGCTGGTAACGCGGGTAAGTAATTCTCCGCTTTGTTCCAGTGCCAGAATAGTATTGTTGAAATCAGGCATTTGCGGGTTAAGCGCGATGGCAGCAATTTCTGCCCGCTTTTGCTGCATTCCCTCATCGAATGCCGGGCGATAGTGATGATTGGCAATTTGATCAAAATGGGGAGCCAGATACGGCAGTGTGCTTTGCACAAGGAA > CP009273/1621321‑1621619 | atatCATTAGCCAGTTCCGCCAGTTCAGCGGAAAACTGCTCGTCAAGACGCTGTAATTCATCATTGGTATGCGCCGCAGTCATCGCAAAAAAGACGCTGGTAACGCGGGTAAGTAATTCTCCGCTTTGTTCCAGTGCCAGAATAGTAttg < 2:1680033/150‑1 (MQ=255)atatCATTAGCCAGTTCCGCCAGTTCAGCGGAAAACTGCTCGTCAAGACGCTGTAATTCATCATTGGTATGCGCCGCAGTCATCGCAAAAAAGACGCTGGTAACGCGGGTAAGTAATTCTCCGCTTTGTTCCAGTGCCAGAATAGTAttg < 1:2392192/150‑1 (MQ=255) tatCATTAGCCAGTTCCGCCAGTTCAGCGGAAAACTGCTCGTCAAGACGCTGTAATTCATCATTGGTATGCGCCGCAGTCATCGCAAAAAAGACGCTGGTAACGCGGGTAAGTAATTCTCCGCTTTGTTCCAGTGCCAGAATAGTAttgt < 2:139802/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |